目前双方谈判的关键问题是，印尼希望巴基斯坦将印尼棕榈油进口关税下调到与马来西亚棕榈油进口关税相当的水平，平等对待两国的棕榈油船货。
巴基斯坦目前对印尼毛棕榈油征收8900卢比/吨的进口关税，但是对马来西亚棕榈油征收的关税要少15%，因为2007年巴基斯坦与马来西亚签订了一份关税协定。2008年税差在5%，2009年为10%。
去年五月份市场猜测印尼可能上调出口关税，引发贸易商大量采购，当时巴基斯坦的进口量达到了32.91万吨。2009年巴基斯坦从印尼进口的棕榈油数量提高到了522,810吨。
印尼对巴基斯坦的出口一直受到关税政策的影响。2008年巴基斯坦只从印尼进口了409,751吨棕榈油，低于2007年的788,003吨。
