12月初，国家宏观调控措施陆续出台，外盘也出现冲高回调整理的行情，将国内棉籽市场笼罩在浓厚的利空氛围之中。由于棉籽压榨陷于亏损，各地油厂纷纷紧急停收，棉籽价格大幅回落，北方地区棉籽收购价格多由1.45元高位回落到1.30元以下（毛籽含油13%），南方地区棉籽收购价格也多由1.20元左右下跌到1.10元以下（光籽含油13%左右）。不过，进入12月中旬之后，国内棉油、棉粕行情转好，油厂信心逐渐恢复，国内棉籽供应明显紧张的状况再次出现，尤其是一些油厂恐慌性收购，进一步激化了供需矛盾，一些中间商也加入到操纵市场的行列之中，联合哄抬棉籽价格。截止到目前，山东、河北、河南等北方地区棉籽收购价普遍回升到1.40元吨左右（毛籽含油13%），山东地区最高价可达到1.45~1.46元，涨幅达到0.10元以上；湖南、江苏、安徽等南方地区棉籽收购价格也多回升到1.18~1.22元（光籽含油13%~14%），涨幅为0.06~0.08元。
为应对棉籽资源紧张的状况，新棉籽上市伊始，以山东为代表的油厂就深入山东、陕西、新疆以及广大南方产区调运棉籽，今年以来，北方油厂几乎加工了国内近 70%的棉籽，也正是各地掀起的棉籽收购热潮拉动了国内棉籽价格的大涨。随着棉籽收购步入后期，棉籽资源供应越来越紧张，尤其是有关种植面积下降以及生物燃料需求上升，2008年油脂油料市场仍维持结构性上涨的预期，让市场人士普遍看好后市。油厂、中间商、棉厂甚至农民都将重新参与到棉籽的囤货和竞购之中，后期国内棉籽资源将被严重瓜分，并可能成为明年棉籽行情整体在高位盘整的强力支撑。
