2006年，国内棉籽市场价格走势相对其它油脂较为坚挺，大部分时间里行情相对平稳，发生急跌急涨的次数很少，具体走势分成如下几个阶段：
第一阶段：1月份至2月初，价格相对平稳。新年伊始，国内棉籽市场即已进入收购后期，棉籽供应量开始下降，市场供需关系得到改善，收购价格得到提振，出现了小幅上涨，然而没过多久，棉籽收购价格又归于平静，甚至还出现小幅下跌。虽然春节临近，但各地棉油需求并无起色，油厂对此深感失望。国内各港口具备棕榈油分提能力的工厂迅速增加，低度棕榈油无异味，更适宜勾兑，抢占了棉色拉的不少市场份额，导致棉油的生存空间日渐狭小。与豆粕的比价关系看，棉粕已经明显偏高，各饲料厂节前备货中采购豆粕的比例相对较大，而使棉粕备货提前结束。棉油疲软，棉粕滞涨，压榨无利可图，不少油厂提前放假，同时停止收购棉籽。春节前后，国内大部分地区停止棉籽收购，总体行情平稳，各地基本处于有价无市的状态。山东、河北、河南等北方主产区含油15%毛籽收购价（以下类同）基本稳定在0.78-0.82元/斤之间。
第二阶段：2月中旬至4月份，企稳上涨。元霄节过后，各地油厂再次陆续展开收购，但由于2005-06年度棉花严重减产，农民节后惜售心理浓郁，棉籽供应量受限，油厂收购明显困难，不少油厂日收购量不足百吨，下游产品的相对走强鼓舞了油厂收购积极性，推动了棉籽收购价格的不断回升。步入3月，随着油厂开机率不断提高，各油厂棉油、棉粕库存不断膨胀，国内气温回升影响了棉油销售步伐，禽流感疫情也使众棉粕买家采购谨慎，棉籽行情趋于稳定，北方地区含油15%毛籽收购价基本稳定在0.85元/斤左右。时至4月份，受美国农业部大豆供需报告利空影响，国内外豆油、棕榈油价格不断下滑，尤其是低度和脱色棕榈油的冲击，逐渐替代了棉油勾兑用途，使棉油销售明显不如往年同期水平。豆粕价格的不断探底也冲击了棉粕价格，棉短绒也出现滞销局面，棉籽价格转而回落，北方地区棉籽价格再次回落到0.80元/斤左右。
第三阶段：5至7月份，震荡上扬。经过阶段性休整之后，自5月份起国内棉籽价格又开始启动。此时各地棉油存量已经不多，油厂需要将有限的库存维持到9月份新棉籽上市期，所以惜售心理强烈，而随着各地油厂陆续停产，棉粕逐渐集中在大中型油厂手中，受垄断支持，棉粕行情稳中趋升。其后，国际局势动荡加剧，有关生物燃油炒作一波高于一波，国内外油脂价格均步入强势，尤其是2006年菜籽严重减产的消息，给国内棉籽市场带来更大的利多支持，棉油、棉粕受到进一步带动。与此同时，棉壳价格迅速飚升，不少地区都上涨到800元/吨以上，已经是期初价格的数倍，棉短绒销售形势也有所好转，刺激了各油厂收购积极性，棉籽价格不断冲向新高，北方地区棉籽价格直逼0.90元/斤的高价。
第四阶段：8至9月份，震荡回落。步入8月份之后，国内陈棉籽供应量已经所剩无几，已经不够大中型油厂规模收购所需，仅有少数油厂还在零星收购，各地油厂纷纷转入季节性停产检修阶段，棉籽市场购销清淡，北方地区陈棉籽收购价格不断被打压，跌止0.85-0.86元/斤之间。8月中旬，陕西、山西、湖北地区新棉籽已经零星上市，由于水分很大，油厂收购普遍谨慎，收购价格确定在0.62-0.65元/斤之间。之后，河南南阳、河北威县、山东北方少数地区陆续有新棉籽上市，过高的水分使入市各油厂以快榨快出为主，价格继续不断下滑。时至9月下旬，北方地区新棉籽上市量在加大，而棉油滞涨，棉粕、棉壳等产品下跌不止，压榨无利可图，油厂继续理性压低收购价格，收购价格下跌到0.74-0.76元/斤，南方湖南、湖北、安徽、江西、江苏等地棉籽收购价格因开秤价格较低而有所上涨，提高到0.70-0.72元/斤。
第五阶段：10至11月份，震荡反弹。
10月份之后，由于籽棉收购价格的过低，广大棉农不甚满意，市场惜售气氛浓郁，影响了棉籽的正常上市，上市压力不断减轻。随着玉米、小麦等粮食产品价格的大幅上涨，粮棉比价失调，棉农心理价位不断抬升，籽棉收购价格迅速上涨，也再次拉动了国内棉籽价格的上涨，尤其是全球农产品牛市行情预期得到业内人士广泛认同之后，国内外油籽价格纷纷上涨，棉油价格也不断向豆油追涨，北方地区一度达到6800-7000元/吨，油厂压榨利润丰厚，与此同时，随着豆粕价格的上涨，棉粕也出现稳涨行情，油厂收购积极性不断膨胀，北方地区棉籽收购价格再次上冲到0.86-0.88元/斤。其间，由于棉壳、棉短绒下跌，以及棉粕行情发生波折，导致棉籽行情反复，整体趋势基本呈现震荡反弹。
第六阶段：12月份，稳中有落。月初，国内棉籽收购已经步入后期，各油厂收购积极性较高，而在籽棉市场棉厂因皮棉销售迟滞，已显资金紧张状况，加之广大棉农的惜售，影响了棉籽的供应量，市场价格略有上涨。中旬之后，外盘市场高位回调迹象明显，尤其是适逢年末，交易商急于过节做平仓清算，利多仓单大幅削减，导致外盘农产品价格反弹无果而终，并出现明显地下跌态势。国内方面，一些棉厂、短绒加工厂为了完成商业还贷，而大量出售棉籽，而油厂和一些中间商也因回笼资金而减少棉籽采购量，使国内棉籽市场出现购销两不旺的状况。其次，国务院连续发出通知，要求保证粮油供应，并大量向市场投入国储粮油，打压了国内市场行情走势。另外，豆油、豆粕价格的连续下跌，也影响了棉油、棉粕价格走势，国内棉籽呈现稳中有落的行情，截止12月29日，北方地区棉籽价格维持在0.82-0.84元/斤。
2007年棉籽市场展望：
1、国内棉籽市场仍有蓄势反弹趋势。如前所述，当前国内棉籽遭遇了外盘以及国内油脂油料回调整理的打击，加之其自身也受资金困扰，整体行情稳有中降，不过，新年度市场环境已经得到极大地改善。尽管棉籽丰产，但随着收购步入尾声，棉农惜售强烈，籽棉收购进展缓慢，后期棉籽供应越来越紧张，棉籽市场将再次出现供不足需的状况，棉籽价格将得到相应的利多支持。当前全球农产品已经步入了三十年一遇的“牛市”行情，农产品歉收、使用价值的全面升华，将给整体行情推上新的高度，有分析师认为当前牛市行情至少要持续三年。自入冬以来，国内基本未发生禽流感疫情，疫情控制已见成效，发生机率的下降将鼓舞养殖业者入市信心，棉籽下游产品市场前景继续看好，整体行情将伺机蓄势反弹。
2、整体市场也难再现过激行情。尽管年后，南美天气、南美大豆播种面积、人民币升值等等有较多的看点，市场偏多迹象明显，包括棉籽在内的油脂油料需求前景向好已成必然。不过，应该看到的是，有关生物柴油的炒作已经有放尽的迹象，日前，国家发改委下发通知，中国生物燃料乙醇项目的原料应坚持以非粮为主，为一哄而上的玉米加工乙醇项目紧急降温，意味着国内生物柴油生产将受阻。对于近来过高的粮油价格上涨，国务院多措并举稳定物价，要求交通、储运部门都要为粮油流转开“绿灯”，截至12月25日，国家根据市场需求，共安排临时存储粮在粮食批发市场竞价销售7次，平均成交率80％，约占今年托市收购总量的10.6％。此举充分发挥了临时存储粮对市场的调节作用，稳定了粮价，保证了市场供应。由上可以显现国家调控市场的决心，2007年国内粮油价格将难现过激行情，棉籽产品也不可能独善其身。综合评估，2007年新棉籽上市前的大部分时间里北方地区棉籽价格将维持0.90元/斤以上，南方地区保持在0.80元/斤左右。
