在强化食品质量安全方面，《规划》提出要在提高重点行业准入门槛，健全食品安全监管体制机制，完善食品标准体系，加强检（监）测能力建设，健全食品召回及退市制度，落实企业食品安全主体责任等方面进一步完善。
《规划》特别要求重点制修订食品添加剂、方便食品、肉制品、乳制品、饮料等行业标准，完善食品安全标准、基础通用标准、重点产品标准和检测方法标准。加强对国际标准的参与程度及对相关国家标准的追踪研究。
为加强检（监）测能力建设，《规划》提出逐步实现关键检测设备国产化，着力推进产品质量与食品安全监控中心和实验室的建设。督促企业增加原料检验、生产过程动态监测、产品出厂检测等先进检验设备配置，完善企业内部质量控制、监测系统和食品质量可追溯体系。加强监管部门的检验检测能力，严格食品检验机构资质认定，提升国家及省、市、县各级食品监测机构的检验设备水平，加强队伍能力建设。
“十二五”期间，我国将引导和推动优势企业实施强强联合、跨地区兼并重组，提高产业集中度。《规划》提出要利用东部地区技术优势和中西部地区资源优势，形成东中西部食品工业协调发展的新格局。鼓励和支持食品加工企业向产业园区集聚。支持企业实施品牌战略建设，加快中华特色名优食品的技术进步和技术改造，大力振兴“中华老字号” 。
为维护食品产业安全，《规划》明确将严格按照《外商投资产业指导目录》和项目核准有关规定，加强对豆油、菜籽油、花生油、棉籽油、茶籽油、葵花籽油、棕榈油等食用油脂加工、玉米深加工等行业外资准入管理。做好外资并购境内重要农产品企业安全审查工作。依法运用反倾销、反补贴、保障措施等贸易救济措施保护国内食品产业安全。
为提升食用植物油自给水平，我国将稳定传统大豆油生产，着力增加以国产油料为原料的菜籽油、花生油、棉籽油、葵花籽油等油脂生产。鼓励并支持国内有条件的企业“走出去”，合作开发棕榈、大豆、葵花籽等食用油资源，建立境外食用油生产加工基地，构建稳定的进口多品种油料和食用植物油源的保障体系。到2015年，食用植物油产量达到2440 万吨，其中国产油料产油量提高到1260万吨。
为加快乳制品工业结构调整，我国将积极引导企业通过跨地区兼并、重组，培育技术先进、具有国际竞争力的大型企业集团，改变乳制品工业企业布局不合理、重复建设严重的局面。大城市周边产区原则上不再布局新的加工项目。
