敦煌种业的主营业务包括各类农作物种子、棉花加工以及食品加工三个领域，其中，公司本部的业务主要为杂交玉米制种和农产品加工业务，2010年以来，全球棉花价格持续走低，拖累了公司整体的业绩。但是玉米价格随着玉米消费量增加、深加工需求旺盛而呈现逐步上涨局面并创出历史新高。同时，由于4季度通常是种业股的业绩释放期，而种子业务毛利率最高且能保持稳定，公司有望借“先玉335”提升整体业绩。
财务数据显示，敦煌种业盈利能力主要集中于控股合资公司敦煌种业先锋良种有限公司生产的玉米良种“先玉335”。先锋公司作为全球种业巨头，在世界玉米杂交种市场的占有率达20％，敦煌种业通过引入其优势品种，扩大在国内的玉米杂交种市场份额，大幅提升了市场竞争力。数据显示，敦煌种业每年生产玉米种子8万吨左右，占中国全年玉米种子总需求的比例接近10％。自公司2007年与先锋公司合作以来，制种量保持年均大幅增长，成为敦煌先锋业绩大幅增长的主要保障。
据熟悉公司的一位研究员介绍，科研实力是种子企业长期可持续发展的核心竞争力，一般一个新品种的成功育种需要较长的时间周期，如农大108选育成功用了18年，郑单958选育成功也用了10年。但是新品种一旦成功上市，其市场爆发力会很强。从我国的情况来看，目前优势品种并不多，因此一个优质品种就能成就一个企业的阶段性爆发增长。目前，“先玉335”就在推动敦煌先锋和登海先锋的高速增长。
今年3月，农业部发布了2011年农业主导品种和主推技术的通知，支持国产种子，由于敦煌种业未上榜而一度被市场解读为利空，对此，公司表示，由于“先玉335”是合资公司产品，故无法入围，另一方面，公司的“先玉335”产品一直供不应求，是否获到推广对公司销售其实并无影响。而据华宝证券研究员估计，未来公司春玉米的复合增长率还将维持25%以上的增速。
农业部在今年8月发布的新版《农作物种子生产经营许可管理办法》已经于9月25日起正式开始实施，由于新版的管理办法大幅度提高种子生产和经营的准入门槛，育繁推一体化的大型种子企业将在行业秩序重建过程中获得更多的政策扶持以及资源整合机会，敦煌种业等龙头企业有望成为行业整合的最大赢家。据统计，我国目前有8700多家种子企业，其中注册资本在3000万以上的仅有200多家，实现繁育推一体化、经营范围覆盖全国的企业不到100家。分析人士预计，随着准入门槛的提高和旧版许可证的逐渐到期，我们种子行业整合序幕在未来一年里有望逐渐拉开。
今年8月，敦煌种业披露了股权激励草案，向公司高管及核心中层共97人提供限制性股票股权激励。第一期200万股以14.34元/股实施定向增发，后续三期为二级市场回购。该计划将持续7年，有望为敦煌种业后续业绩的持续增长提供长期动力。
值得一提的是，自敦煌种业1月完成定向增发以来，受A股市场整体下滑影响，公司股价已经大幅跌破当初25元/股的增发价格。昨日该股收报18.71元。
