在日前其网站公布的《关于促进玉米深加工业健康发展的指导意见》（下称《意见》）中，发改委强调，“十一五”时期对已备案但尚未开工的拟建项目停止建设；原则上不再核准新建玉米深加工项目；加强对现有企业改扩建项目的审查，严格控制产能盲目扩大，避免低水平项目建设。所有新建和改扩建玉米深加工项目，必须经国务院投资主管部门核准。
同时，要将玉米深加工项目列入限制类外商投资产业目录。试点期间暂不允许外商投资生物液体燃料乙醇生产项目和兼并、收购、重组国内燃料乙醇生产企业。
之所以出台上述玉米深加工项目核准制度，是基于当前食物安全的严峻形势。玉米深加工产业不考虑国内资源情况而盲目发展，将会产生一系列不利影响，《意见》说，当前玉米产业中存在的问题主要在深加工领域。
首先玉米深加工产能扩张过快，“十五”期间，玉米产量增速远低于玉米深加工产能扩张速度；其次，部分主产区玉米深加工项目低水平重复建设现象严重；同时，玉米加工企业多为粗放型加工，部分企业不搞循环经济，污染严重。
如果玉米深加工产业发展继续不考虑国内资源情况扩张，将会打破国内玉米供应格局，《意见》中认为，东北地区调出玉米量将大大减少，使南方主销区饲料原料从依靠国内供给转为依靠进口，增加国家食物安全风险；玉米深加工过度发展会挤占饲料玉米供应总量，影响到肉禽蛋奶等必需品供应；并由此导致加工企业面临更大风险，造成玉米供求关系变化和价格波动，直接影响农民收入；还会改变玉米与稻谷、小麦、大豆等粮食作物正常比，继而影响粮食种植结构合理化，引发国际粮价波动。
“近年来，中央财政曾投入国债资金4.8亿元，用于河南、安徽、吉林三省燃料乙醇企业建设。”中国商业联合会石油流通委员会会长赵友山昨日向《第一财经日报》表示，并对试点企业实施税收优惠政策，免征燃料乙醇5％消费税，这就使得一些地方上燃料乙醇项目热情很高。
“不仅陈化粮，连新粮也进入乙醇生产厂，粮农以比其他玉米加工企业更高的价格，将玉米卖给乙醇生产厂，才导致市场生产饲料粮食短缺。”赵友山强调。
来自农业部门的信息显示，
2004～2010年是我国玉米深加工在建项目投产高峰时期，预计2010年我国玉米加工能力有可能突破4000万吨。
