《意见》指出，在深加工业布局方面，“十一五”时期，重点是优化产业布局，调整企业结构，延长产业链，培育产业集群，提高现有企业的竞争力。对于严重缺乏玉米和水资源的地区、重点环境保护地区，不再核准玉米深加工项目。
具体而言，淀粉以山东、吉林、河北、辽宁等4省为主，重点是用于造纸、纺织、建筑和化工等行业需要的高附加值的特种变性淀粉，稳定以玉米为原料的普通淀粉生产。
淀粉糖以山东、河北、吉林为主，重点是作为食糖补充的固体淀粉糖，以及用作食品配料的多元醇(糖醇>；。
发酵制品以山东、安徽、江苏、浙江等省为主，重点是进口替代的食品和医药行业需要的小品种氨基酸和其他新的发酵制品，不再新建或扩建柠檬酸、味精、赖氨酸、酒精等项目。
多元醇以吉林、安徽现有企业和规模进行试点，不再新建或改扩建其它化工醇项目，并结合国内玉米供需状况稳定发展。
燃料乙醇以黑龙江、吉林、安徽、河南等省现有企业和规模为主，按照国家车用燃料乙醇“十一五”发展规划的要求，不再建设新的以玉米为主要原料的燃料乙醇项目。
