根据日前国家发展改革委下发的《关于对经山海关入关铁路运输粮食收取铁路建设基金的通知》（下称《通知》），铁道部自2007年4月1日起对东北地区经山海关站入关的稻谷、大米、小麦、小麦粉、玉米和大豆收取铁路建设基金，收取标准为每吨公里0.012元。
虽然收取标准（每吨公里0.012元）相对以前确定的征收铁路建设基金标准（每吨公里0.0415元）明显降低，但对玉米、大豆购销企业的成本还是构成一定影响，企业采购成本增加。征收铁路基建费后，黑龙江的玉米通过铁路运输到华北地区，每吨成本将增加20多元。对于大豆而言，全国其他地区的食用大豆成本将跟随公里里程相应提高，油用大豆将主要涉及到从东北采购大豆的华北和山东的一些油厂。从哈尔滨到北京的铁路里程大约是1300公里，征收0.012元/吨/公里的基金后，大豆采购成本将上涨15.6元/吨；从哈尔滨到山东济南的铁路里程大约是1600公里，大豆采购成本将上涨19.2元/吨。
冯利臣认为，对于粮食现货贸易来说，20元/吨已经是很高的利润，因此，更多的贸易商可能通过港口海运。目前大连港口的玉米已经很多，新的玉米进入这一地区，很有可能进一步促使港口平仓价的走低。
大通期货副总经理王晨认为，我国对铁路建设基金的重新征收，预示着东北发往关内的玉米、大豆价格成本上升，这或许能够促使国内市场行情整体上移，缓解目前国内市场的压抑气氛，但也可能更多地表现在大连地区港口价格下降上。例如，关内油厂采购东北大豆，成本将上升15-20元/吨，如果豆油价格不变，折合到豆粕里面，豆粕成本将提高20-25元/吨。在目前整个市场供大于求的情况下，成本的提高无疑将加重这些油厂的销售压力，而且近期东北大豆收购价格的持续坚挺也使得国产和进口大豆价差逐步缩小，因此，关内的一些油厂采购东北大豆的兴趣将明显下降，转而订购更多的进口大豆。
对于增收铁路基建费将大幅分流铁路外运数量的说法，王晨表示了不同的看法。他认为，目前东北玉米外运中，发往广东方向的多通过水运，铁路运输的量相对较少，而从山海关流往内地的粮食主要销往华北地区和江浙等地，每吨费用的增加在18—40元之间，而如果转由水路运输，贸易商必须先将粮食运到港口，在港口卸货装船，到达目的地再卸船装车，由此产生的装卸费用也不会少。他认为，即使有部分原来发往江浙和上海地区的贸易商会由铁路改为水路，数量也不会太多。
身处产区的吉林省五禾牧业发展有限公司总经理顿晓林则认为这一政策对他的企业来说是一件好事。他说，在目前大量玉米上市的情况下，现货贸易商更多地是将增加的成本在采购环节消化掉，从而尽可能地降低他们在产区的收购价，他的企业正处于产区，可能享受到价格下降带来的实惠。“目前的玉米价格已经很高了，有所降低也是应该的。”他表示。
辽宁中期分析师时岩认为，铁路运费增加后，大连期货市场地位将有所增强。他说，铁路运费提升后，部分原来的内陆贸易商会转做港口贸易，从而会增加大连沿海一线流量。目前大商所在大连及周边地区设有25家定点交割库，年度商品交割超过百万吨，流量的增加将进一步促进交易所功能的发挥，期货市场地位也将得到增强。
对于费用增加对大连农产品期货市场价格的影响，多数分析师认为，经山海关出关铁路费用的增加，虽对关外的粮食价格起到一定的作用，但更多地表现在大连地区港口价格的下降上。然而，市场价格的总体走势更多地还要看下游消费企业的需求和市场对未来粮食供需的预期。
