国家从2005年开始实施了良种推广补贴政策，对我国的粮食增产、农民增收起到了积极的推动作用。但是，在良种推广补贴的实施过程中也出现了不少问题。
良种推广补贴实施中存在的主要问题
组织管理不力 有的省级农业主管部门组织管理不积极，不组织有关专家进行科学论证和评价，而是不负责地把任务直接分到了县（市、区）。有些县（市、区）农业行政主管部门没有科学、公正、公平地处理这件事情，而是实行地方保护主义，暗箱操作，直接或变相地从中渔利，滋生腐败，在社会上引起了不良的影响。
品种确定不科学不合理 有的县只补贴了一两个品种，而且不是目前生产上最好的品种，由于数量较大（有的占种植面积的1/2~1/3），品种单一，势必造成潜在的隐患。有的县不是补贴优良品种，而补了种植多年、正在淘汰的老品种。去年春季辽宁省彰武县甚至把不合格的报废种子也实行了“补贴”卖给了农民。
干扰了种子市场正常秩序，种子企业损失惨重 近年来，我国良好的种子市场秩序逐渐形成。但种子补贴实施后，有的县（市、区）中标的种子企业要向农业主管部门上缴“处理费”，虽然种子卖出去了但算起来并不挣钱。未中标企业的种子积压，多年培育的市场营销网络被打破，亏损严重，有的趋于倒闭。有些科技企业虽然品种好，由于活动少，没有与农业行政主管部门配合好，种子也卖不出去。好的科学技术和优良品种推不出去，严重影响了科学技术的推广普及。
农民买了不如意的种子受益不大 有的县（市、区）农业行政部门指定农民购买品种，违背了我国《种子法》有关“农民自行选购种子”的有关规定。农民买到的“良种”许多是加了价的种子，在价格上农民几乎不受益。农民买到的种子品种单一，影响了产量，农民买到的不称心如意的老品种，甚至淘汰的劣质种子，产量降低，挫伤了农民种粮的积极性。
改进建议
合理、公正的进行良种推广，把最好的品种介绍给广大农民，防止让退化、劣质、未审定的品种有可乘之机，坑农害民。建议由农业行政主管部门、农业技术推广部门、种子管理部门、种子专家、农村基层干部代表和农民代表共同组成评审组，推选优良品种，以防止在良种补贴过程中滋生腐败。
把补贴款直接发放给农民，让广大农民自主选择称心如意的优良品种。防止过去良种补贴中出现的“种也得种，不种也得种”的现象。
种子管理部门和农业技术推广部门应组成专家组，对农民购种和生产进行技术指导，做到良种良法配套，因地制宜选用品种，做到丰产丰收。
建立监察责任制和追终问效制。对于走后门、坑农害农，挪作他用的现象要严肃处理，直至追究刑事责任。
