上述情况与入世前人们的普遍预期显然有相当大的反差。加入WTO时，我国在开放农产品市场方面做出广泛的承诺，包括大幅度削减关税、对部分重要农产品进口实行关税配额制度管理、立即停止使用出口补贴、限制农业国内支持支出、规范动植物检疫措施和食品安全技术标准等。履行这些承诺使我国的农产品市场开放程度远高于大多数发展中国家，在某些方面甚至高于主要发达国家。入世前，国内外有很多学者基于资源禀赋理论做出判断，我国在土地密集型农产品上处于竞争劣势，但在劳动密集型农产品上有较强的竞争优势，因而入世后会出现在增加粮棉油等大宗农产品进口的同时扩大畜产品、园艺产品和水产品等高附加值农产品出口的局面。鉴于当时主要农产品的国内市场价格普遍高于国际市场价格，因而人们预期入世会导致这些产品的价格下跌，进而对农民收入提高产生不利影响。
从各方面情况看，入世后我国农业和农产品贸易的发展变化要比预想好得多，这种局面是多种因素综合作用造成的结果。从外部看，主要农产品国际市场价格在2001年后出现不同程度的回升，减轻了我国面临的竞争压力。从内部看，我国政府采取了一系列支持农业和鼓励农产品出口的措施，如减免农业税、对部分粮食品种实施保护价收购、对粮食主产区农民实行直接补贴、提高农产品出口退税等，而农民和涉农企业对市场信号变化和激励政策做出了积极的反应，使农业生产结构和地区布局实现优化调整，更好地适应了国内外市场需求的变化，我国农产品的国际竞争力得到了提高。
然而，虽然入世后的实际情况与入世前有关研究做出的判断存在较大差距，但这些研究所强调的一些长期趋势性因素仍然是有效的，并且将决定我国今后农业生产和农产品贸易格局的演变前景。
首先，在经济增长过程中，农业与非农业部门之间的资源竞争日趋激烈，农业资源外流对农业综合生产能力产生不利影响。这一点在土地上表现的最为明显。在目前的土地管理制度下，地方政府具有非常强烈的动机，借助于行政力量从农民那里廉价征用耕地后将其转用于各种非农业开发项目，从中获取各种形式的收益。这导致大量耕地被合法甚至非法占用，直到近年中央采取严厉控制措施后才在一定程度上扭转了这一局面。这一情况与国家为保护环境而实行的退耕还林计划和农民在市场机制驱动下扩大蔬菜等园艺作物种植结合在一起，导致大宗农作物播种面积减少，进而影响到总产量的增长。
第二，我国经济增长主要导致食品消费结构的升级，需求总量的增加则主要体现在农业部门提供的工业原料上。受食品消费结构调整的影响，尽管从2000年以来我国的人均粮食占有量显著低于1996年创造的414公斤的历史最高水平，但是国内市场上并没有显现出粮食短缺的明显迹象。实际上除了2004年外，我国在谷物贸易上一直保持净出口地位。与此成对照的是大豆、植物油和棉花进口规模急剧增加，成为导致我国农产品贸易由盈余转为赤字的主导因素。然而，我国大量进口大豆是由于国内榨油能力急剧扩容引起对原料需求的增加，而榨油业扩大加工能力则是由于国内外企业预见到国内市场对植物油和饼粕的需求增加而大量投资所致，这一过程在入世前已经启动，入世后放宽对大豆进口的限制只不过是为这一发展增添了额外的活力而已。统计数据表明，入世后我国的大豆生产并没有下跌，而是维持增长，即进口增加只影响到大豆生产的增长幅度。类似情况也出现在棉花上。我国棉花进口急剧增加发生在2003年之后，在很大程度上这是由于纺织业界面临纺织品贸易于2005年进入所谓的“无配额”时代而产生乐观预期，进而扩大纺织品加工能力所致。虽然2002和2003年我国的棉花产量低于入世前2001年的水平，但随后两年产量大幅度增加，2004年更创造出新的历史纪录。
第三，非价格因素日益成为影响农产品国内消费和出口的关键。国际经验表明，随着发展水平的提高，消费者会更为关注食品卫生安全、环境保护、劳工福利等问题，从而导致相关标准的提高。正是由于这一点，发达国家实施的标准普遍高于发展中国家，并且越来越严格，日本和欧盟于2006年开始实行的新食品安全法规就反映出这一趋势。恰恰在这些方面，我国的农业生产和经营体系存在诸多的薄弱环节。例如，近年来我国食品安全公害频繁发生，面临这一形势，政府监管机构表现出严重的能力缺失或不作为。由于这种情况，我国具有很强价格竞争力的畜禽肉类产品并没有能够如一些人预期的那样大量出口海外，进口产品却显著增加，使我国在这些产品上也成为净进口方。虽然我国的园艺产品和水产品出口保持了较好的势头，但也多次受到进口方限制措施的打击。然而，我国也有一些企业成功地突破了进口国设置的“绿色壁垒”，例如山东省龙大食品集团有限公司针对日本加强食品安全管制采取积极的应对措施，通过主动改善产品质量和调整生产结构，把别人失去的市场转变为自己扩大出口的新机会。
第四，只有不断扩大农民在非农业的就业机会才能够持续地提高农村居民收入。根据国家统计局的资料，在2001-2005年期间，以当年价格计算的农民人均农业纯收入增长了30％，同期农产品生产价格提高了约20％，消除价格因素后，农民农业经营纯收入年均仅增长2％左右。鉴于在开放的贸易环境下农产品价格不可能持续上升，即使政府继续增大对农业的支持力度，单纯靠发展农业显然不足以保证农民收入持续提高，更不要谈实现缩小城乡收入差距的目标了。另一方面，入世后农村劳动力向非农业的转移加快，第一产业劳动力占社会劳动力的比例由2001年的的50％下降到2005年的44.8％，由非农业经营活动得到的收入成为农民收入增长的主要推动力量。然而，考虑到第一产业GDP占全部GDP的比例已经下降到12.6％，进一步加快农村劳动力转移势在必行，非此不足以消除城乡收入的巨大差距。
最后，加入WTO对我国政府实施支农政策的空间构成严格限制。入世后，我国政府采取了“多予、少取、放活”的方针，逐步加大对农业的财政支持，这些惠农政策是导致农业增产、农民增长的重要因素。然而，政府可以选择的手段和力度在一定程度上受到我国入世承诺的约束。这种情况在大豆产业上表现得最为突出。加入WTO时，我国完全开放了大豆和豆粕市场，大豆进口关税率为3％，豆粕为5％，进口数量不受任何限制；对豆油进口实行关税配额制度管理，配额内进口关税由2001年的13％立即下调到9％，配额外进口关税由2001年的121.6％逐步下调，到2006年过渡期结束时改为9％的单一关税。入世之初，我国利用制定转基因产品管制办法的机会限制了2002年的大豆进口，但2003年后大豆进口量急剧增加，2006年上升2658万吨，是2001年进口量的将近2倍；豆油进口量更由2001年的7万吨上升到2004年最高时的252万吨。面临这一局面，我国政府只能通过“大豆振兴计划”等间接措施支持大豆生产，对进口数量却无法有效实施调控。此外，很多符合WTO绿箱标准的政策在我国现行农业经营模式下面临操作成本过高的限制而难以实施，而价格补贴和口岸保护等操作成本较低的政策则受到WTO规则的约束，只能在有限程度上使用，这使得政府在制定农村发展政策上面临困难的选择。
总结我国入世后的农业发展实践，可以概括出以下几点认识：
第一，开放农产品市场对农业生产和农产品贸易格局演变有重要的影响，但起决定性作用的是国内因素，特别是国民经济发展对农产品供给和需求的影响。
第二，我国农民和涉农企业对市场变化有相当强的适应能力，能够对市场信号做出及时和灵敏的反应，但在市场体系不健全、政府治理能力薄弱的条件下，农户和企业也会理性地利用市场信息不对称带来的机会谋取自身利益的最大化，即使其行为有时会损害到公众利益。例如，我国很多食品公害事件完全是人为造成的，而不是由于缺乏技术能力。
第三，我国尚未形成适合参与国际竞争的农产品产业链和有效的质量监管体系。一方面，农户与涉农企业之间普遍未能形成利益共赢机制，在缺乏社会征信保障制度的条件下，各方出于自身利益的机会主义行为常常导致产业链的断裂，出现“市场失灵”；另一方面，政府治理能力的缺失和不当作为常常不仅未能解决“市场失灵”问题，而且造成“政府失灵”。这种情况加大了市场交易成本，损害了我国农产品在国内外消费者心目中的信誉。
第四，国内政策比口岸干预政策更有助于实现国内社会经济发展目标。入世后，我国政府在扩大农产品市场开放的同时采取了一系列惠农政策，在鼓励农业生产和提高农民收入上起到了积极的作用，这是我国得以避免入世前预期的农业生产和农民收入增长停滞甚至下降局面的重要因素。
尽管我国顺利地实现了向WTO贸易体制的过渡，但今后的农业发展仍面临严峻的挑战，能否成功应对挑战决定了我国农业和农产品贸易的发展前景。
最近商务部发布了关于农产品出口的五年规划，提出了放低出口增长速度、加强质量效益、侧重于提高农产品竞争力的方针。根据规划，2010年的农产品出口额将达到380亿美元，年均增长7％，其中深加工产品的比重达到50％以上。这一规划体现了将提高农产品非价格竞争力放在首位的思路。
在日益开放的国际市场竞争环境中，非价格竞争力要比价格竞争力更为重要，对贸易发展起的作用也更为持久。这是由于价格竞争力主要来源于可以廉价使用的资源，在我国，这主要是通过降低劳动成本和环境标准实现的，从根本上说这种模式与社会发展要求并不一致，并且也非常容易受到进口方利用动植物检疫措施、技术标准、环境标准、劳工标准、反倾销措施等合法限制措施的打击。此外，我国农产品的价格竞争力也将受到人民币升值造成的不利影响。只有改善非价格竞争力，我国才有可能建立起一种可持续的农产品贸易发展模式。而改善非价格竞争力不仅需要加强农产品生产和加工技术的开发应用，更需要在制度上创新，建立起产业链各参与主体之间的利益协调机制，提高政府公共服务效率，健全产品质量监管体系，以降低交易成本，并从根本上解决农产品质量安全这一制约竞争力的“瓶颈”。可以说，在将小农户与国内外大市场有效连接进而在农产品市场日益开放的环境下实现促进农业发展和提高农民收入的目标上，我国还面临很多有待探索的问题，特别是政策问题和制度问题，决不能由于过去几年平稳实现过渡的经验而盲目地感到乐观。
未来我国农业发展面临的国际市场环境存在很多不确定性，其中突出的是WTO多边贸易体制改革和双边贸易开放安排。当前的农产品国际市场仍存在严重扭曲，发达国家的农业政策是导致扭曲的主要因素。WTO多哈回合谈判就是试图通过修改完善乌拉圭回合制定的农业贸易规则，消除主要的扭曲因素。然而这一轮谈判举步维艰，进展远远落后于当初确定的目标，目前已经中止谈判。近年来，我国在建立双边自由贸易区方面采取了积极的行动，迄今中国－东盟自由贸易区、中国－智利自由贸易区的建设已经启动，我国与巴基斯坦刚刚签署了自由贸易协定，与澳大利亚、新西兰等一些国家的谈判正在进行之中。这些方面的进展会影响到未来农产品国际市场的发展变化，对我国而言都是机会和挑战并存，需要受到高度关注。我国政府应努力通过谈判为我国争取有利的外部市场环境。在这方面，通过多哈回合谈判完善WTO多边贸易规则具有不可替代的价值。在对外开放方面，需要受到关注的一个新情况是如何监管跨国公司在我国市场上的竞争行为，这一方面涉及到提高经济效率，另一方面涉及到保障产业安全，制定企业竞争规范已经成为一个迫切的任务，特别是考虑到我国已经进入过渡期结束后的全面开放商品和服务贸易的阶段。
