2006年中国将继续对小麦、玉米等7种农产品和磷酸二铵等3种化肥实行关税配额管理，取消豆油、棕榈油、菜籽油3种农产品的关税配额，对关税配额外进口一定数量的棉花继续实行滑准税；对冻鸡、啤酒、胶卷、摄像机等55种商品继续实行从量税、复合税，并根据进口平均价格的变化适当调整了部分从量税税率；对200多项进口商品实行暂定税率。
2006年，根据中国-东盟自由贸易区协议，中国将对原产于东盟十国的商品实行比最惠国税率更加优惠的协定税率，其中所有“早期收获”商品的税率都将降为零。根据《亚太贸易协定》、中国-巴基斯坦自由贸易区“早期收获”安排和内地与香港澳门更紧密经贸关系安排，中国将对原产于上述国家和地区的部分商品实行协定税率。中国还将对原产于柬埔寨、缅甸、老挝、孟加拉国、苏丹等30多个最不发达国家的部分商品实行特惠税率。
2006年大陆将继续对原产于台湾地区的菠萝、番荔枝、木瓜等15种新鲜水果实行进口零关税。在出口关税方面，从2006年1月1日起，中国将停止征收纺织品的出口关税，并对60多项出口商品实行暂定税率。此外，中国明年还将对部分税目进行调整，调整后税目总数将由2005年的7550个增加到7605个。
