北京农业育种基础研究创新平台是2005年由北京市科委发起、以北京市农林科学院为基础建成的农业育种创新平台。该创新平台主要通过聚集国内外农业育种领域的优秀人才、先进设备、资金投入等优势资源，着重开展农业育种领域中的基础性、关键性重大理论与技术研究。具有自主知识产权的“二系杂交小麦理论基础与关键技术研究”和“超级玉米种质创新及DNA指纹库构建”被确定为平台的首批攻关项目。
“二系杂交小麦理论基础与关键技术研究”是从基因水平上探讨小麦不育的机理，并对杂交种生产过程中遇到的关键技术攻关研究。7家科研单位经过一年的研究，率先在国际上选育出冬性二系杂交小麦新组合“京麦6号”，可比普通小麦增产10％至15％。
“超级玉米种质创新及中国玉米标准DNA指纹库构建”主要致力于高产、优质玉米新品种的选育和DNA指纹技术的研究应用。项目在全国率先启动超级玉米研究，聚合了国内38家科研单位、上百名领域内的专家协同攻关。目前，亩产超过1000公斤的玉米新品种已在山东莱州农科院试种成功，创出新的高产纪录；在全国首次建立了系统的玉米品种DNA指纹库。
平台在项目研究中聘请袁隆平、庄巧生等5位院士为科学指导；还在北京海淀、顺义，安徽阜南，云南丽江、曲靖等地建立了多点多年合理制种、繁种生态区联合试点。
