其一，质量等级不同，导致价格差异。目前，关内大部分地区玉米已经枯竭，除河南、河北和西北部分地区外，关内大多使用东北玉米。但由于东北玉米质量较大，以致玉米价格较为混乱。据悉，广东港口玉米市场目前中等玉米平仓价格约为1300-1320元/吨，质量稍差的玉米为1280-1290元/吨，而较好的玉米价格为1330-1340元/吨。大连港中等玉米平仓价1230-1240元/吨，好的玉米价格约为1250-1260元/吨，质量较差玉米1200-1220元/吨左右，每吨玉米价差达到50元。关内其它销区玉米市场也都实行按质论价，价差一般约在20-30元/吨。
其二，农户储存条件普遍较差，玉米普遍出现霉变现象。由于目前国内取消保护价政策，收购和销售市场全面放开，农民卖粮具有充分的自主权和选择权。但由于农民惜售严重，且一般家庭储存条件普遍较差，使得一些农户玉米在储存期间出现发霉。而更多地是贸易商和囤粮大户，在新玉米刚上市水分含量偏高时，急于囤积玉米，未及时降水就大量收购，在后期气温升高后，玉米普遍出现了霉变。另外，前期港口码头由于玉米库存暴满，站台和露天存放玉米日晒雨淋，受温度和湿度影响，霉变加重，并迫使贸易商降价抛售。
其三，饲喂霉变玉米导致母猪不孕、仔猪存活率和饲料转化率下降。由于猪对发霉的玉米最为敏感，不但影响猪的适口性，更重要的是霉变的玉米中含有大量的高毒性、高诱变性和高致癌性的化合物，对后备母猪的免疫系统、生殖系统产生严重影响，尤其对仔猪的危害最大，死亡率较高。为此，霉变的玉米虽然价格较低，不但不受饲料、养殖企业青睐，且对养猪业造成存栏下降、猪源短缺、仔猪、毛猪和猪肉价格大幅上涨。
由此来看，目前国内玉米市场因为东北以及河南等地部分玉米在前期收购时水分偏高，加之保管不善，导致质量参差不齐，玉米价格较为混乱，价格差异较大。然而，质量较好的玉米价格仍然坚挺，特别是东北晾晒玉米价格始终居高不下，但这种质量好的玉米市场供应量较少。
