20世纪90年代后期以来，中国农业发展进入新阶段，农产品供求关系发生重大变化，实现了由长期短缺到总量基本平衡、丰年有余的历史性转变。收入水平的提高、消费需求结构的显著变化，对农产品从主要是数量需求转向数量、质量双重需求；农业发展从过去主要受资源约束转向受资源、市场双重约束。2001年底中国加入WTO，则把中国农业融入全球经济一体化进程，必须面对国内市场与国际市场竞争的双重挑战。中国农业发展的环境和条件发生了深刻而重大的变化。
而从现在起的今后若干年，中国正处在人均GDP从1000美元到3000美元的发展新阶段，将进入工业化、城镇化和现代化加速发展的重要时期。国际经验表明，这既是中国发展的战略机遇期，也是各类矛盾凸现的挑战期。在这一关键时期，着力解决好“三农”问题，继续发挥农业农村经济对国民经济的支撑作用，不仅关系到农民增收、农业增效和农村发展，而且直接影响中国对战略机遇的把握，事关国民经济和社会发展大局。但是，中国农业目前仍然是国民经济最薄弱的环节，一些长期困扰农业和农村经济发展的深层次矛盾还远没有根本解决，在可以预见的将来，中国作为一个发展中的农业大国，农业发展将面临越来越多的压力和挑战，比较突出的有：
1.人口和食物消费需求增长的压力与日俱增。2004年底中国人口为13亿，预计到2010年达到13.45亿。按照目前的粮食消费结构和需求总量测算，到2010年，粮食年需求量至少为5亿吨。目前中国的粮食生产能力4.7亿吨，要想在今后5年内使农业恢复到5亿吨的生产能力，在物质和技术条件上都存在较大的难度。如何保障13-14亿人口的粮食安全问题，是今后中国农业不能回避的战略问题。
2.农业资源刚性约束矛盾日益突出。人多地少是中国的基本国情。目前中国人均耕地面积不足1.5亩，仅为世界平均水平的43%。从长期看，人口增加、耕地减少，耕地资源紧张的矛盾将始终存在。人均水资源也仅为世界平均水平的1/4，干旱和严重缺水已经成为制约西北、华北和中部地区农业发展的瓶颈。今后农业资源紧张的矛盾对农业发展的约束将越来越突出，直接威胁中国的粮食安全和农产品供给。
3.农业国际竞争力在短期内难以提高。中国农业在技术进步、产品质量和整体竞争力与主要农产品贸易国的差距在短期内难以改变，中国小规模分散经营的传统农业与国外大规模现代化农业难以竞争的局面，在较长时期内也不会出现逆转。在今后相当长的一段时期内，中国农业投资投入不足，农村资金短缺，生产要素持续外流，农产品市场体系、农业社会化服务体系和国家对农业的支持政策体系不完善等问题将难以在根本上改变，因此在短期内进一步提高中国农业竞争力的难度较大。这也决定了在世界贸易体系中，中国农业必须充分发挥自身优势，选择正确的发展战略。
4.影响农业和农村发展的体制性制度性矛盾开始凸现。在城镇化和工业化加速发展的背景下，长期积累的城乡二元结构中的一些深层矛盾开始显现：城乡居民的收入水平、享受公共服务和社会保障等方面的差距进一步拉大，农村与城市的面貌反差强烈；城乡之间各种要素合理流动的市场体系还没有形成，影响农村劳动力转移的体制性障碍仍然存在，农民就业增收渠道难以拓宽。从根本上改变影响中国农业农村发展的城乡二元结构，还需要一个长期的过程。
