55亿美元的逆差并非偶然。除了粮食进口制度、禽流感等短期影响之外，专家认为，粮食产需缺口，新的贸易壁垒是逆差形成的一个重要原因；而逆差的出现，与我国农产品的比较优势并不明显也有很大关系。
中央财经领导小组办公室副主任陈锡文认为，中国农产品出现大的逆差有多种原因，第一个原因是去年农产品的进出口结构有了比较大的变化，最突出的是在2003年的时候我们还出口了超过2000万吨的粮食，但是去年我们却进口了800万吨粮食。陈锡文估计，国内粮食产需缺口在一个阶段内还会存在，所以粮食进口大于出口的现象大概在一个时期内还会持续。
资料显示，2004年国家发改委确定的粮食、棉花进口关税配额量，比2003年确有较大增长。2004年确定的配额量分别为：小麦963.6万吨，玉米720万吨，大米532万吨，棉花89.4万吨；而2003年的配额量则是：小麦905.2万吨，玉米652.5万吨，大米465.5万吨，棉花85.625万吨。在2005年，国家发改委确定的配额量与2004年完全一致。
不能忽视的是，2005年，我国农产品关税水平将降至15.35％，而世界农产品关税平均水平为62％，我国将成为世界上关税最低的国家之一。农产品贸易将面临更大的压力。
在逆差苗头初现时，业内专家就曾指出，必须对此引起高度重视，否则一旦逆差持续增长，势必会对中国农业和农民就业带来不小的冲击；有测算显示，我国农产品出口每年直接解决中国1600万农村劳动力的就业。
实际上，扩大优势农产品的出口，也一直为决策层所高度重视。在2004年的中央“一号文件”中，就明确提出了，“要进一步完善促进我国优势农产品出口的政策措施”。在2005年的中央“一号文件”中，“三农问题”仍是重头戏，“提高农产品国际竞争力，促进优势农产品出口，扩大农业对外开放”，仍在其中。
在具体措施上，中国社科院农村发展研究所副研究员冯兴元认为，国内对农产品的“黄箱补贴”（即保护性补贴，如对粮食等农产品提供的价格、出口或其他形式补贴，通常会对产出结构和农产品市场造成直接明显的扭曲性影响）过低，也是不可忽视的原因，“国外的补贴相当厉害，欧盟、美国都是大量地给农场主补贴，大农场主得利越多，他出口的价格也越低。”
农业部有关人士表示，将会用足用好WTO“绿箱补贴”和“黄箱补贴”政策，进一步加大对农业的支持保护力度。
“中国政府最终承诺的黄箱补贴数额相当于农业生产总值的8.5％。目前，中国政府尽管给了农民一些补贴，但是和我们向世贸组织承诺的8.5％的生产总值相比，远远没有达到。”陈锡文指出。
