花为单性，雌雄同株。雄穗着生于植株的顶端，为圆锥花序；雌穗着生于植株中部的叶腋内，为肉穗花序。雄穗开花一般比雌穗吐丝早3～5天。雄穗的主轴和分枝上成对排列的每个雄小穗有颖片包住两朵雄小花。每朵雄小花有内稃、外稃和3个雄蕊,花药多为黄色，也有的为紫、粉红或绿色，每个花药内约有2000个花粉粒。雌穗外为多数叶状总苞片所包裹，穗轴粗大， 着生许多纵行排列的雌小穗。每个雌小蕊有2朵小花，1朵结实。结实雌花有内稃、外稃、2片鳞被和1个雌蕊。花柱和柱头细长，合称“花丝”，黄色、浅红或紫红色，其上密生茸毛,能接受花粉。雌穗上的雌小穗成对排列，每1雌小穗只结1个子粒,所以果穗（俗称“棒子”）上的子粒行数都成双。子粒为颖果，色黄、白、紫、红或呈花斑等。生产上栽培的以黄、白色者居多。胚约占子粒重的10～15％,胚乳占80～85％，果皮占6～8％）。
玉米的根属须根系，除胚根外，还从茎节上长出节根：从地下茎节长出的称地下节根,一般4～7层；从地上茎节长出的节根又称支持根、气生根，一般2～3层。地下节根是根系的主体，入土深度一般30～50厘米,也有深达2米以上的。地上节根入土角度陡，伸入土中后能支持植株，也具有吸收水分、养分和合成氨基酸等作用。株高1～4.5米，秆呈圆筒形，髓部充实而疏松，富含水分和营养物质。玉米除上部4～6节外，其余叶腋中都能形成腋芽。地上部的腋芽通常只有最上部的1～2个能发育成果穗。地下部的腋芽发育成分蘖，一般不结穗，栽培上要求及早除去。一般全株有叶15～22片。叶身宽而长，叶缘常呈波浪形。叶鞘厚而坚硬，紧包茎秆，与叶身连接处有叶舌。也有不具叶舌的变种。
