针对税费改革以后出现的新问题，北京市政府加大了对农村基层组织的支持力度。2004 年，北京市财政增加转移支付资金7162万元，用于远郊乡镇财政补贴；投入5002万元，用于郊区村级干部补助和办公经费补助；投入9680万元，对2156个集体经济低收入村进行资金补助，专项用于从事公益事务人员劳务报酬、社会管理和公益事业开支，上述补助市区两级财政共计投入3.17亿元。
据北京日报10月20日报道，从有关部门获悉，北京市已经全部取消了面向农民的各项税费，实行了免征农业税及其附加的政策，减轻农民负担8007万元。
