还有一些歧视性政策让中小企业难以理解与接受，例如原料收购信贷不平等。大型粮食加工企业收购粮食，国家农业发展银行有政策性贷款，低息或贴息，且不需资产抵押。小企业享受不到此等待遇，当小企业用厂房等资产抵押，
寻求—般性贷款时，银行考虑玉米主食产业是新产业、新项目，为规避风脸而拒贷。多数企业为保证原料质量及收购品种一致性，欲储备足够一定时间加工所需的原料，只有通过民间借贷。通常民间借贷利息不低于29％，恰好与玉米主食加工企业资金周转—次的利润率相当。同时企业寻求民间借贷也不是轻易可办到的事。
吉林餐卓食品有限公司在生产中采用高温、高压和短时挤出等先进的干法加工技术，生产过程中不产生“三废”，对环境无污染。尽管这样，企业也不能免交环保部门的检测费与环保费。
某企业总经理拿出一摞证件和检验报告告诉记者，拿到这些证件，企业得支出两万多元。办理每个证件，都颇费周折。有时—个证件办不下来，别的证件就休想办，因为有的证件与证件间存在相互制约关系。办完这些证件，需数个月，延缓了产品上市时间，错失了商机。当地质量检验每季度强检—次，每个样品收费360元。企业生产品种20个，每季度仅此一项，就需支出7200元。让中小企业不解的是，在大企业中多半无此“待遇”。
中小企业除国家征收的土地税、房产使用税等必交外，还有地方对企业征收的土地使用费。该项费用标准是4．2元／平方米，按此标准，即便是小企业，每年也要拿出近万元。去年，因某企业无力缴纳土地使用费，而被起诉到法院。这些企业认为地方土地使用费应免征，理由是农民用地可减收或免收农业税，而玉米食品加工是农业产业化链条中的重要一环。
参与吉林玉米主食食品开发的企业，多为中小企业。这些中小企业都是民营企业。老板们为开发玉米主食食品，已经倾其所有，把全部家当都押到了企业上，资金本就不足。上述不公平待遇，势必使企业难于发展，如此下去，玉米产业开发将会受阻。
企业认为，随着科技发展，从前玉米食品口感不好、不易消化的缺点已迎刃而解；玉米主食食品有可能成为餐桌上继大米、面粉后的第三大主食，从而改变人们的膳食结构。但是要真正使之成为第三大主食，产品价格定位是关键。玉米主食食品作为正餐定位，价格一定要适合广大工薪阶层，市场价格要参照小麦与水稻制成品而定。以目前市场上销售的几种玉米主食食品看，价格高是产品销售不畅的主要原因；购买时，消费者总是要拿玉米主食食品与小麦、水稻制品相比较。事实上，企业面临的繁杂费用，都要分摊到每个产品中，使产晶价格很难降下来，从发展玉米主食产业的高度出发，中小企业要求同等待遇。
有关人士认为，从一定意义上说，中小企业是最具社会化的群体。—是为数众多，中小食品企业更多；二是中小企业是解决就业的主力军；三是中小企业多为民营企业，对经济体制调整做出了巨大贡献。因此，在政策方面，国家应给予公平待遇，相关部门也应在产业政策制订与调整中对此进行妥善解决。
