在粮食储备层次上，理论界有两种截然对立的观点。一种观点认为，由于我国地域广阔，情况复杂，人口众多，尽管从全局上看粮食供求较为平衡，但局部地区粮食丰歉不均的现象总难避免，从而有可能发生地区性供求矛盾，所以全面稳定粮食供求关系单靠国家粮食专项储备是难以做到的，这就要建立起区域性的地方粮食储备体系，以弥补国家专储粮的不足。另一种观点则认为，国内粮食市场在市场经济体制下将逐渐成为一个自由流通的统一体，目前层层建立储备的做法既有碍于国内粮食市场的统一性，也不利于粮食的区际自由流通，甚至会遏制各地资源优势、产业优势的充分发挥而使粮食问题成为部分地区经济发展的制约因素。因此，从粮食储备调节市场供求的权威性和有效性来看，粮食储备应由中央政府直接掌握，而不需要建立地方政府的粮食储备。这两种观点都有一定道理而又失之偏颇。目前理论界较流行的观点是：国家粮食储备应以中央储备为主，省级储备为辅，但要改变粮食储备层次较多的状况，逐步取消市、县两级地方储备；而从长远来看，中央和省两级储备、两级调控则最终也要逐步走向一级储备、统一调控，集中储备粮调控权。
(七)改善储备粮的品种结构
从稳定粮价和提高储备粮的经济效益的角度来看，需要解决储备粮品质和结构的问题。根据联合国粮农组织秘书处推荐的指标，按不同谷物估算，各品种储备量应达到年平均消费量的比率为：小麦25％—26％、大米14％—15％、粗粮15％，即小麦、大米、粗粮的储备量分别占总储备量的比例应约为46％、27％、27％。这是就全国范围而言的，对于不同的地区，这个比例应该有所不同，比如长江以北地区应适当多储存小麦和玉米，而长江以南地区则应多储存稻谷和小麦。另外，要重点储存优质品种，特别是稻谷，要改变以往南方以储存早籼稻为主的做法，而储存符合口粮消费要求的优质稻品种。
(八)合理确定粮食储备的目标
粮食储备政策目标，既是粮食储备政策的核心，同时也是制订粮食储备各项相关政策的出发点和归宿。合理确定粮食储备的政策目标，对于充分发挥粮食储备的作用，提高粮食储备的运行效率和效益，具有理论和现实意义。有的学者认为，健全中国粮食储备，应当根据我国粮食生产和流通的实际情况，将粮食储备的政策目标重点定位在保障市场粮价的相对稳定，同时兼顾粮食储备的经济效益。也有的学者认为，从我国的国情和粮情来看，在相当长一段时期内，粮食储备的目标应以粮食安全和稳定农民收入、稳定市场粮价并重。而多数学者则认为，在粮食储备的多重目标中，粮食安全供给是主导目标，而价格、收入、效益目标则是衍生目标；政府建立粮食储备的目标首先是以丰补歉、确保歉收年份粮食供应的安全，而价格目标和收入目标应当让位于相应的价格政策、市场政策和收入支持政策。
(九)建立新型的粮食储备组织系统的营运机制
粮食储备管理组织应当是从中央到地方的垂直组织，即地方储备管理机关属于中央储备机关，而不是隶属于同级地方政府，而且地方储备管理机关也不是在所有地方设立，而是应考虑逐步按市场区域来设置。在决策与执行程序上，由中央储备管理机关负责规模决策、财政预算和吞吐决策，地方储备机关则负责执行中央机关的计划和指令，并监督储备经营企业对储备粮的管理、吞吐计划的执行情况。
(十)实行内外贸一体化，使粮食储备的轮换销售和补库与进出口有机结合起来
粮食进出口业务应从外贸部门分离出来，与粮食储备一起划归国家计委统一管理，实现内外贸的统一和有机结合。今后，粮食的进出口要与国家储备粮的吞吐调节紧密挂起钩来，具体说，当国际市场粮价较高时，可以增加国家储备粮收购，增加部分用于出口，以实现增值；当国际市场粮价较低时，多进口一些国内需要的优质粮食品种充实储备，以优化中央储备粮食的品种、品质结构和降低库存成本，以提高储备粮的经济效益。
(十一)储备粮要以合理价格适时吞吐
完善国家粮食储备制度，应适当地确定储备粮吞吐价格，抓住时机，灵活掌握。市场价如果在保护价以上，国家储备不收购粮食，或者以市场价格定量收购，市场价如低于保护价，国家储备则应按保护价敞开收购，这样才能真正起到对粮食的保护作用。粮食的抛售也要根据各个时期不同的市场情况，制订抛售价，在市场价格低于抛售价的情况下，国家储备粮不出库销售，如因库存调整确需出售时，应按市场价格限量出售。如果市场价格上涨，则可适当增加销售，在市场粮价达到抛售价时，则应自动大量抛售。国家储备粮的抛售一定要改变过去的低价状况，抛售价格一般应当定在比正常市场价略高的水平上。这样，粮食价格的上涨才不会突破一定的界限(抛售价)，才能防止粮价的暴涨，并维持正常的储备粮库存，保证推陈储新。
(十二)建立灵活的国家储备粮轮换经营管理机制，提高轮换经济效益
要改变现行轮换审批办法，储备粮的年度轮换，由各承储库点按照总储存量20％一30％的比例，根据市场行情，按照价格随行就市的原则，择机进行轮换。按照超支不补、节约归己使用的原则，轮换费用由总公司对分公司包干，分公司对各承储企业进行包干，以充分调动企业搞好轮换经营的积极性。在轮换经营具体操作上，由企业根据市场情况，可以采取先轮入后轮出、先轮出后轮入和轮出、轮入同步等灵活方式来进行，大的经营轮换活动，可以在分公司统一指导下进行。建立国家储备粮轮换基金，以保证国家储备粮帐实相符、品质完好，促进企业适时开展轮换经营，控制轮换经营风险，减轻国家财政负担。
(十三)改善仓储能力
储备粮能否发挥作用的一个重要环节，就是仓储能力问题。从总体上看，我国目前的仓储能力是比较弱的，一方面表现为总体储存规模不够大，另一方面则表现为仓储的技术水平比较落后。这两方面的问题导致储备粮食的吸储能力弱，同时也影响了储备粮的运行效益和运行效率。因此，国家在投资增加粮食仓库建设的同时，既要注重“量”的扩大，也要在提高储粮技术水平上增加投资，使粮食仓储设施和储粮技术在“质”的方面有个显著的提高。
(十四)健全与完善粮食风险基金制度
粮食风险基金为粮食储备提供强有力的资金支持，完善的风险基金制度是粮食储备吞吐调节、有效运行的财务基础，粮食风险基金制度是否健全、粮食风险基金数量多少及粮食风险基金的使用直接关系到政府储备粮储存保管和销售能否按制度运行。针对运行中的粮食风险基金存在的问题，目前最迫切需要解决的是，一要切实落实地方财政配套资金，保证粮食风险基金的资金来源；二要改革粮食风险基金的管理办法，防止擅自动用粮食风险基金。
(十五)改革粮食收购制度，建立健全粮食收购市场
国家粮食储备制度运行的基础是健全的粮食市场体系，而粮食的收购市场是整个粮食市场体系的基础，粮食收购价格的形成机制直接关系到后续价格的形成和运行。粮食收购市场的主体是粮食收储企业和农民，只有当二者在平等竞争中才能形成合理的市场价格。因而政府必须改革现行的粮食收购制度，打破收购市场的国家买方垄断，确立粮食收储企业和农民平等的市场主体地位，通过二者平等竞争，在市场交换中形成粮食收购价格，并在此基础上构建以市场为导向的粮食价格机制。
(十六)健全粮食批发市场和期货市场，进一步完善粮食市场运行机制
完善粮食批发市场和期货市场，使其成为国家专储粮运作的基础。这关系到整个粮食市场体系的健全与否，更关系到国家专储粮对市场粮价的调控效果。必须明确规定国家专储粮的吞吐只能通过批发市场来进行，并鼓励其开展期货对冲，利用国家专储粮在批发市场和期货市场的吞吐运作，来诱导预期，调节供求，弱化粮价波动；进一步完善区域性粮食批发市场的功能、操作规程和办法，在强化服务功能的同时运用行政、法律手段杜绝场外交易。在进一步发展和完善国内粮食市场的基础上，逐步对外开放，并在条件成熟的时侯与国际市场接轨。
