通知明确，在中华人民共和国境内提供公路、内河货物运输劳务（包括内海及近海货物运输）的单位和个人适用《货物运输业营业税征收管理办法》（以下简称《试行办法》）。
关于纳税人认定问题，通知指出，适用《试行办法》从事货物运输的承包人、承租人、挂靠人和个体运输户不得认定为自开票纳税人；铁路运输（包括中央、地方、工矿及其他单位所属铁路）、管道运输、国际海洋运输业务，装卸搬运以及公路、内河客运业务的纳税人不需要进行自开票纳税人资格认定，不需要报送货物运输业发票清单；《货物运输业营业税纳税人认定和年审试行办法》中有关代开票纳税人认定和年审的规定停止执行。
关于办理税务登记前发生的货物运输劳务征税问题，通知规定：一是单位和个人在领取营业执照之日起三十日内向主管地方税务局申请办理税务登记的，对其自领取营业执照之日至取得税务登记证期间提供的货物运输劳务，办理税务登记手续后，主管地方税务局可为其代开货物运输业发票。二是单位和个人领取营业执照超过三十日未向主管地方税务局申请办理税务登记的，主管地方税务局应按《征管法》及其《实施细则》的规定进行处理，在补办税务登记手续后，对其自领取营业执照之日至取得税务登记证期间提供的货物运输劳务，可为其代开货物运输发票。三是地方税务局对提供货物运输劳务的单位和个人进行税收管理过程中，凡发现代开票纳税人（包括承包人、承租人、挂靠人以及其他单位和个人）未办理税务登记的，符合税务登记条件的，必须依法办理税务登记。
关于货运发票开具问题，通知指出：按代开票纳税人管理的所有单位和个人（包括外商投资企业、特区企业和其他单位、个人），凡按规定应当征收营业税，在代开货物运输业发票时一律按开票金额3征收营业税，按营业税税款7预征城建税，按营业税税款3征收教育附加费。同时按开票金额3.3预征所得税，预征的所得税年终时进行清算。但代开票纳税人实行核定征收企业所得税办法的，年终不再进行所得税清算。在代开票时已征收的属于法律法规规定的减征或者免征的营业税及城市维护建设税、教育费附加、所得税以及高于法律法规规定的城市维护建设税税率的税款，在下一征期退税。对提供了货物运输劳务但按规定不需办理工商登记和税务登记的单位和个人，凭单位证明或个人身份证在单位机构所在地或个人车籍地由代开票单位代开货物运输业发票。《试行办法》第七条有关代开票纳税人在申请代开票时须提供《代开票纳税人资格证书》和承运货物时同货主签订的承运货物合同或其他有效证明，停止执行。
关于税款核定征收问题，通知规定：按照《试行办法》的规定，对代开票纳税人实行定期定额征收方法。凡核定的营业额低于当地确定的营业税起征点的，不征收营业税；凡核定的营业额高于当地确定的营业税起征点的，代开发票时按规定征收税款；单位和个人利用自备车辆偶尔对外提供货物运输劳务的，可不进行定期定额管理，代开票时对其按次征税。
代开票纳税人实行定期定额征收方法时，为避免在代开票时按票征收发生重复征税，对代开票纳税人可采取以下征收方法：一是在代开票时按开具的货物运输业发票上注明的营业税应税收入按规定征收（代征）营业税、所得税及附加；二是代开票纳税人采取按月还是按季结算，由省级地方税务局确定；三是代开票纳税人在缴纳定额税款时，如其在代开票时取得的税收完税凭证上注明的税款大于定额税款的，不再缴纳定额税款；如完税凭证上注明的税款小于定额的，则补缴完税凭证上注明的税款与定额税款差额部分。
通知还规定对2002年以后新办的货物运输业代开票纳税人的企业所得税，由代开票单位在代开货物运输业发票时统一代征税款；对代开票纳税人从事联运业务的，其计征营业税的营业额为代开的货物运输业发票注明营业税应税收入，不得减除支付给其他联运合作方的各种费用。
关于物流劳务的征税问题，通知也作出了明确规定：一是利用自备车辆提供运输劳务的同时提供其他劳务（如对运输货物进行挑选、整理、包装、仓储、装卸搬运等劳务）的单位（以下简称物流劳务单位），凡符合规定的自开票纳税人条件的，可以认定为自开票纳税人。二是自开票的物流劳务单位开展物流业务应按其收入性质分别核算，提供运输劳务取得的运输收入按"交通运输业"税目征收营业税并开具货物运输业发票；提供其他劳务取得的收入按"服务业"税目征收营业税并开具服务业发票，凡未按规定分别核算其应税收入的，一律按"服务业"税目征收营业税。三是代开票单位在为代开票物流劳务单位代开发票时也应按照以上原则征税（代征）并代开发票。
关于货运发票的抵扣问题，通知明确：一是增值税一般纳税人外购货物（固定资产除外）和销售应税货物所取得的由自开票纳税人或代开票单位为代开票纳税人开具的货物运输业发票准予抵扣进项税额。二是增值税一般纳税人取得税务机关认定为自开票纳税人的联运单位和物流单位开具的货物运输业发票准予计算抵扣进项税额。准予抵扣的货物运费金额是指自开票纳税人和代开票单位为代开票纳税人开具的货运发票上注明的运费、建设基金和现行规定允许抵扣的其他货物运输费用；装卸费、保险费和其他杂费不予抵扣。货运发票应当分别注明运费和杂费，对未分别注明，而合并注明为运杂费的不予抵扣。三是增值税一般纳税人取得的货物运输业发票，可以在自发票开具日90天后的第一个纳税申报期结束以前申报抵扣。四是增值税一般纳税人在2004年3月1日以后取得的货物运输业发票，必须按照《增值税运费发票抵扣清单》的要求填写全部内容，对填写内容不全的不得予以抵扣进项税额。五是增值税一般纳税人取得的联运发票应当逐票填写在《增值税运费发票抵扣清单》的"联运"栏次内。六是增值税一般纳税人取得的内海及近海货物运输发票，可暂填写在《增值税运输发票抵扣清单》内河运输栏内。
据悉，该通知自2004年7月1日起执行，国家税务总局还就税务机关加强货物运输业税收管理和加强代开票中介机构的管理，作出了具体部署，以确保各项管理措施实施到位，使货物运输业税收管理逐步走向科学、规范。
