由于转基因农作物具有抗虫害、抗干旱和高产等优点，曾被认为可能将成为解决非洲粮食危机的一个有效途径，但目前这种看法在南非引起了颇多争议。
消费群体雾里看花
南非政府的法律规定，市场上销售的转基因食品必须予以明确标注，使消费者能够获得完整的信息，自愿确定是否消费目前仍然存在争议的转基因食品。所有的转基因食品标签必须按要求包含完整的信息：如果转基因食品与其相对应的传统食品在成分、营养价值、储藏方式、烹饪方式上存在明显的差别，食品标签上必须加以注明；食品标签必须标明是否存在来自甲壳类动物、鸡蛋、鱼类、花生、牛奶、软体动物、大豆、干果和小麦等食品中的任何过敏物质；食品标签必须注明由种植而成的食品中是否含有从人类或动物中获得的基因物质，或者由动物制成的食品是否含有从人类或其他不同科的动物中获得的基因物质。
南非卫生部食品管理部门的负责人范·瑞吉森指出，在转基因食品上贴加标签将给消费者提供更多的信息，这一规定将严格适用于市场上销售的各种转基因食品。他表示，南非是国际食品标准制定组织———CodeAlimentarlius的签约国之一。“该组织规定食品标签的声明必须是真实的，不能误导消费者，不能提供欺骗性说明，不能在消费者中引起恐惧。”她强调：“在南非，如果转基因食品与同类食品在成分、营养价值等方面存在明显的差别，这种转基因食品必须贴标签。”
南非Potchefstroom大学的伊丽莎白·凯姆潘博士指出，2003年进行的一项研究结果表明，南非的消费者对转基因食品并不太了解。他说：“所有的消费阶层都缺乏关于转基因食品的相关知识，而不仅仅是局限于某些特定的消费群体。”凯姆潘认为，消费者对转基因食品有着不同的错误认识，并且有种种过分的担忧，这有可能阻碍转基因食品的进一步发展。她说：“这些担忧部分来源于对转基因食品缺乏了解，这将严重影响在南非将转基因食品引入消费市场的设想和努力。”
专家学者争论依旧
随着转基因技术的不断发展，农场主可以种植那些能够为人体提供抵抗传染性疾病疫苗的香蕉等其他果木，以及那些能够比正常果树提早结果的转基因果树。而能够抗虫害、抗除草剂的大豆、棉花和玉米也是非洲最受欢迎的转基因农作物，此外，非洲大陆也将逐渐推广种植能够抗病毒的甜土豆。一般的看法是，转基因技术可能在发展经济方面有着不可估量的潜在价值。
尽管转基因农作物有着诱人的前景，但是人们的意见并不完全一致。在南非，目前争议最大的问题是，种植转基因棉花在经济上是否合算，它们能否为农场主带来更大的经济效益。
南非的环境保护组织“生物观察”警告说，转基因技术并不能使棉花大幅度增产。他们认为对于小型农场来说，种植转基因棉花并不经济可行。因此，那些将产品瞄准西方市场的小型农场种植转基因棉花经济上并不合算。一些小型农场主也认为，种植转基因棉花的唯一优点就是节省了杀虫剂的费用。
生物观察组织的艾尔弗雷德·普科恩－斯特劳斯认为，种植转基因棉花在杀虫剂方面节约的成本并不具有太大的吸引力。她说：“减少杀虫剂的成本固然有吸引力，但农场主仍然需要给棉花喷撒杀虫剂来消灭另外一些害虫。”她进一步指出，不断发生的干旱已经使小农场主陷入了恶性债务循环之中，再支付数额不菲的转基因种子技术费用，这将是一种额外的负担。南非种子供应商为可灌溉农田提供的转基因棉花种子价格为每25公斤750兰特，而干旱农田只需支付350兰特就可得到25公斤普通棉花种子。
南非棉花协会库特·洛瓦的看法正好相反。他指出，南非生产的所有棉花中有70％使用了转基因棉花种子。他认为转基因农作物改善了农作物风险管理的效果，农场主使用转基因种子在经济上仍然比较合算。他提醒人们，2002年和2003年南非小型农场所生产的棉花仅占全国棉花产量的10％，而目前有3000个小型农场主和1000个商业化种植的大型农场主使用了转基因种子。他也承认，将种植棉花的目标瞄为出口国外并不可行，“我们无法和发达国家那些接受政府补贴的农作物进行竞争”。
南非棉花种子供应商发言人指出：“农场主可以自主选择是否使用转基因种子，使用转基因种子并不是强制性的。”该公司同时提供普通的棉花种子，其价格仅仅是转基因种子的一半。
南非的一些农场主也在怀疑转基因种子所能带来的的好处，抱怨种子供应商“只强调转基因种子可能使棉花增加产量和抗虫害，但对其缺点缄口不言”。同时也担心交叉授粉将给生物多样性带来负面影响。
南非每年棉花的需求量为7万吨，尽管大量使用了转基因棉花种子，本国产量也只能满足需求的50％，另外一半仍然要从赞比亚、津巴布韦等国家进口。
