吴敬琏认为，不良贷款的阴影仍然在加大。由于四大国有商业银行的基本体制未发生根本性变化，尽管1998年政府发行了2700亿特种国债补充商业银行资本金以及剥离1．4万亿的不良资产给四大资产管理公司，但2000年末，四大行的不良贷款率又达到33．37％，2003年末，这个数字降到20．36％。但是，吴敬琏指出，数字的降低一半以上是因为贷款余额大幅增加所致，而且新增贷款中长期贷款比重增加极快，去年以来的盲目投资建设有多少会成为不良贷款，“现在还很难说”。
他指出，更为严重的是制造这种金融黑洞的机制并未消失。最近南方证券、闽发证券、“德隆系”企业、“国债回购”、佛山工商银行骗贷等事件暴露出的动辄十亿、百亿，甚至千亿计的资金黑洞说明金融危机的发生不是“遥远幻影”，而是“现实危险”。
吴敬琏赞同海外学者关于中国经济低效率增长维持的两个条件，一是高储蓄率条件下的国有银行的垄断和外汇管制，一是年轻的劳动力大军。“高储蓄可以继续补充企业在运行中消失的资金”，“但是条件不会永远存在”，吴敬琏提出，中国必须在2006年中国向外资完全开放人民币业务和2012年中国人口老龄化到来之前，抓紧建立适合于现代市场经济的金融体系。吴敬琏呼吁，银行改革要实行国有银行改制和民营银行创建“两条腿走路”，银行业改革应在对外开放之前，首先实现对内开放，积极稳妥建立一批民营银行。
吴敬琏指出，目前对于开放民营银行有一些思想障碍，认为国有银行无论在营业网点还是业务份额上都占有绝对优势，认为只要把国有银行改好就可以解决我国银行体系的问题。但是，他说，从苏联、东欧社会主义国家改革的经验看，把主要精力放在国有企业改革上是一种效果不佳的策略。中国改革取得较大成功的秘密就在于没有效法苏联、东欧国家的做法，而是一开始就把真正的重点放在非国有经济的改革和发展上。
因此，吴敬琏的观点是，银行业改革可借鉴工商企业改革的经验，在进行国有银行和准国有信贷机构改制的同时，引入民营银行。
吴敬琏还指出，对于大家担心的民营银行财力单薄，资信不足，一有风吹草动就易于引发挤兑等金融风潮，他认为，这一问题完全可以通过存款保险等制度安排加以防止和化解。对于不赞成开放民营银行的另一个理由———民营企业投资和控股商业银行动机不纯，企图通过关联贷款或其它形式占用银行资金，吴敬琏指出，在这方面不应因噎废食。为了防止这类问题的发生，必须收紧对民营银行与关联人士的信贷管制以及他们之间的金融往来的监督和控制，必要时要由股东作出避免关联贷款的承诺。
