据新疆维吾尔自治区农调队调查，目前新疆订单农业发展存在五大问题，制约着订单农业进一步向规范化方向发展。
一、合同订单都属于简单的农产品买卖契约，合同双方缺乏利益联结机制。虽然不少龙头企业在与农户签订合同时，在主观愿望和对外宜传上都把生产基地称为企业的’第一车间：，但在实际操作过程中，由于操作的不规范及双方利益的冲突，“第一车间”的功能未能有效发挥。企业现代化的大生产与千家万户农民的分散小生产如何进行有效的对接问题未能得到解决，订单农业始终停留在一个低层次水平上。农调队的问卷调查显示，有86．?％的订单合同没有“预付款”项目；有35．7％的合同订单没有“技术服务”项目；88．6％的合同订单没有“保险服务”项目。“股份合作制”、“超额利润返还制”等订单更是罕见。缺乏紧密利益联结机制的订单农业导致新疆一些特色农业的发展大起大落，近几年工业番茄及胡萝卜种植等出现诸多波折皆缘于此。
二、订单农业的合同基本上都采取龙头企业的“格式化合同”形式，农户处于被动接受条款的地位，合同偏重于维护龙头企业利益。由地方政府牵头，组织农户与龙头企业签订合同订单是目前订单农业的主要形式，由于农户方处于被动接受企业方“格式化合同”条款的地位，合同条款自然偏重于保护企业方的利益。农调队的问卷调查显示，有31．4％的合同订单是由乡镇政府组织牵头与龙头企业签订，合同格式完全是由龙头企业一方从自身角度出发拟定的“格式化合同”；64，8％的合同订单由村一级组织与龙头企业签订，仍采用龙头企业的 “格式化合同”。农户以自主意愿与企业签订的订单仅为3．8％。在合同订单的签订对象上与龙头企业以“格式化合同”形式签订为主，以往传统的国有商业企业已淡出订单农业范畴，如和国有粮食企业签订的订单为15．7％，与供销社签订的订单仅为0．5％。由于企业“格式化合同”中质量条款要求较为严格，同时产前、产中及收获后的“扣杂率”年年上升，如胡萝卜、工业番茄等的“扣杂率”已由20世纪90年代的6％至7％上升到现在的20％至40％，损害了农民的利益。
三、订单农业的法律规范性差，存在履约率低的问题。目前的合同订单普遍存在责权利关系不规范、不平等的现象，由于利益联结机制不紧密，合同的道德约束力、法律约束力都不强，履约率低。在调查中，有70．5％的农户对客户的生产经营情况、信贷情况都不太了解；43．3％的农户对合同产品的市场信息不太了解。上述种种问题的存在，导致合同订单很不规范。有41．4％的农户认为合同条款不详；43．8％的农户认为订单运作不规范；53．3％的农户认为收购价格不公道。合同订单的履约率也不高，有30．5％的订单合同没能顺利履行。在问及不能履行的原因时，60．3％的农户回答与价格问题有关，65．6％的农户回答与企业收购时扣杂率高有关。
四、订单农业存在”坑农”“害农”现象，集中表现在一些龙头企业居高不下的扣杂率上。近几年，一些特色农产品如工业番茄、胡萝卜等的收购扣杂率高达20％左右，个别地方甚至达到40％以上。2000年，一家大型企业在产品销售市场不景气的情况下，其原料收购部运用“扣杂”手段，抠出利润近1000万元，严重损害了农户利益，导致近两年特色产品的种植大起大落。在调查中，有84％的农户反映企业存在压级压价收购行为，反映普遍而强烈。
五、订约双方利用法律手段维护自身合法利益意识都比较差。龙头企业普遍反映其现代化大生产与千家万户小农种植的对接不畅，即使农户出现违约现象，企业也不可能去与每尸个种植农户上法庭论理。个别地方由此出现了龙头企业与个别村庄的矛盾对立，企业与农户关系紧张，双方利益都受影响。而在农调队走访农户时，也有50％的农户认为没有必要打官司，认为打官司不划算。
