其中，农业转基因生物安全管理执法检查要以转基因农产品生产、加工、进口、销售企业为重点，检查列入第一批标识目录的大豆、大豆油、豆粕、油菜籽、油菜籽油、玉米、棉花种子等产品是否按规定标识，维护消费者的合法权益，保护农民的利益，保护我国粮棉生产重点生态区域的安全。
据悉，对转基因农产品检查可采取追溯法与检验法。追溯法是根据农业部发放的进口标识审查认可批件，对辖区内申报进口转基因农产品的企业进行重点检查，检查其转基因农产品是否按规定标识。检验法是将企业的样品直接送至农业部委托的转基因产品检验机构进行检验。
农业部要求各地要加强法规的培训与宣传，增强从事农业转基因生物生产、分装、加工、销售企业遵纪守法的观念，采取与多部门协调配合、综合执法检查的形式，通过正确的舆论导向，做好本行政区域的执法检查和监督管理工作。
5月25日，农业部通过中央农业广播电视学校视频网络系统对各省(区、市)的重点市、县负责农业野生植物保护、植物新品种保护和农业转基因生物安全管理的1500多名执法人员进行了农业科技执法培训。农业部农业野生植物保护办公室、植物新品种保护办公室和农业转基因生物安全管理办公室负责人分别对三个条例进行了讲解，北京市农业局、黑龙江省农委及山西省农业厅转基因生物安全管理负责人介绍了开展执法和监管工作的经验。
根据《关于开展农业科技执法检查的通知》要求，农业部将在3月至9月各地自查期间，组织执法检查组分赴有关省(区、市)进行抽查。10月份，对此次执法检查工作进行全面总结，对执法活动中表现突出的省(区、市)给予表扬和支持，并对执法中的问题进行认真的研究，提出改进的措施。
