产业化的巨大投资需求与实际投入严重不足的矛盾
苜蓿要实现产业化必须满足两个条件，一是规模要足够大；二是生产加工要机械化。这两个条件互为补充，缺一不可，前者是实现效益的基础，后者是在最短的时间内完成打捆集垛躲避不利天气的必要条件。要实现这两点，一般的生产单位很难支付其费用，需有大企业集团的资金投入或政府的扶持。目前，我国苜蓿产业化的机械化水平很低，除部分项目外基本还是人工操作。资金投入的不足极大地影响了苜蓿产品的产量和质量。
市场对产品的要求和产品数量质量之间的矛盾
用户对苜蓿产品的需求，尤其是国外的客商，希望能有长期稳定的货源，但由于国内苜蓿种植分散、不成规模，苜蓿的产量低，苜蓿产品的商品率更低，因而无法形成足以影响市场供求状况的商品量。目前，生产者为了获得较高的苜蓿产量，苜蓿刈割普遍较晚(一般多在盛花期刈割)，苜蓿草产品的蛋白质含量下降，品质降低，不能达到国家颁布的苜蓿产品一级标准，有的甚至为等外品。一些生产规模较大的地区，由于机械化程度低，苜蓿刈割持续时间长，刈割晾晒的苜蓿常遇到雨淋，致使苜蓿产品的品质降低。另一个使苜蓿品质变差的原因是苜蓿产品雨季贮存过程中因空气湿度高发生的发霉现象。
根据近几年苜蓿草粉动态价位的综合分析，粗蛋白含量15%的草粉出厂价为1200元/吨，粗蛋白含量每上升1个百分点，价格提高100元/吨，反之则按比例下降。质量的降低，使得苜蓿产品的价格不能朝有利于生产者的方向变化，苜蓿生产者面临着市场风险。
行业整体效益逐步提高与市场、自然条件双重风险的矛盾
苜蓿自种植后一般在2—3年达到高产期，5～6年后需要翻新，而投资者最关心的是苜蓿产品的销路。尽管苜蓿产品的市场潜力很大，但是由于有组织的销售和规范的委托销售、批发市场和期货市场还没有形成，严重地影响了我国苜蓿产品市场与国际市场接轨，而且国内市场也没有打开。由于苜蓿产品市场交易的分散性，还没有形成稳定的价格体系，价格波动很大，生产者的利益得不到有效保证。
苜蓿生产像其它农业生产一样在很大程度上也受自然条件的影响，自然风险主要是气象灾害。气象灾害对苜蓿生产的影响主要表现在我国东部季风气候区，雨热同季，苜蓿刈割(第二、三茬或第四茬)后晾晒时遇雨易影响苜蓿草产品品质，严重时使苜蓿霉烂；苜蓿干草捆在雨季贮存期间因空气湿度高经常发生霉变；因排水不畅引起苜蓿死亡；苜蓿播种后遇暴雨影响出苗；遇持续干旱天气，如无灌溉条件，苜蓿生长受到抑制。苜蓿还会出现病虫害等自然风险。上述自然风险常常使得生产者不能保质保量地生产出苜蓿产品。
产品结构优化升级需求与科研投入管理滞后的矛盾
我国苜蓿草产品主要是干草捆和草粉，还有少量草颗粒、草块，苜蓿叶蛋白的生产还仅限于实验室水平。由于苜蓿干草捆、草粉密度低，增加了运输费用。例如：6吨的车皮，最大容量只能装二次压缩的干草捆3吨。8吨的汽车仅能装5吨。我国苜蓿草后加工投资主要限于草粉，各苜蓿产地都设有草粉加工厂。对草颗粒、草块生产加工投资相对较少，我国目前上规模的苜蓿草块加工厂并不多见，苜蓿叶蛋白商品化生产加工尚无结果。
我国苜蓿育种工作取得了一定成绩，已经育成的苜蓿品种有草原1号、草原2号、甘农1号、新牧1号等杂花苜蓿和公苜蓿。但与世界发达国家的苜蓿育种工作相比，差距还很大，培育出的苜蓿良种很少。良种繁育工作也比较薄弱，育成的品种没能大面积的繁殖，种子的量少，还远满足不了苜蓿生产的需求。在已建设的有关苜蓿项目中，由于对科技投入的重视不够，已有损失严重的教训可供借鉴。