现阶段在疾病防治中目前主要存在两个突出的难点，即疾病的准确诊断问题和疾病的预防问题。
一、疾病的准确诊断问题：
疾病有效防治的前提是对疾病的准确诊断，否则就根本无法对症用药，更谈不上达到有效防治疾病的目的，这样不但会增加生产成本，反而会因没有对症用药而致使病情加重。
不能对疾病进行准确的诊断，本人认为主要有以下几个方面：
1、缺少真正能解决疾病问题的水生动物兽医师或水生动物病害防治员。现在在为水产养殖生产服务的人员主要是各生产厂家的销售、技术服务人员，他们人数众多，但素质参差不齐，他们对自身产品研究多、服务多，而对实际养殖生产关注少，真正能对疾病准确诊断、解决实际疾病问题的人不多。
2、不进行现场调查或现场调查不仔细。对疾病进行诊断最重要、最关键的步骤是对养殖现场进行详细的调查，即现场调查。但是实际情况却是相关从业者去养殖现场调查的不多，仅凭养殖户介绍发病情况来进行诊断，这样可能就会产生误差，必然对疾病很难准确诊断。
现场调查应包括以下内容：（1）患病鱼类的种类、数量、个体大小；（2）检查病鱼；（3）鱼类摄食活动情况；（4）水质情况；（5）近期使用药物情况；（6）近期投饵施肥情况；（7）近期生产操作情况；（8）鱼类放养情况；（9）水源情况；（10）以往的鱼病史；等等。
3、水生动物疾病本身难以准确诊断。水生动物其生活在水中难以观察，一旦等症状明显时，病情就已经严重而难以治疗了。这些都增加了对水生动物疾病准确诊断的难度。
4、仅仅只单纯注重疾病本身，而没有进行全面综合地进行分析。对任何疾病的诊断，要进行综合分析，这样才能较准确地诊断。如果只关注疾病本身，判断也就不一定准确。
5、用于检查的鱼体不新鲜。高温季节发生水生动物疾病，养殖者拿来检查的鱼体多是死亡漂浮的不新鲜鱼体，对这样病后死亡已经腐败的鱼体进行检查，有很多症状已经看不清楚，肯定很难准确诊断。
6、养殖者的疾病防治知识欠缺。许多有多年水产养殖经验的养殖者，凭经验办事，发病治疗时只进行杀虫杀菌而不进行内服药物和调改水质等，对疾病的判断也是凭经验、现象诊断。
7、养殖品种多元化，不常规养殖品种疾病知识欠缺，特别是当地新的养殖品种。很多养殖者对这些新的养殖品种的疾病防治知识一知半解甚至一无所知，对其疾病的准确诊断更无从谈起。
8、诊断手段和诊断设备问题。有很多水生动物疾病仅仅凭症状是无法准确诊断的，特别是微生物类疾病。
二、疾病的预防问题：
鱼病防治的原则是“预防为主，防重于治”，鱼病防治的工作方法是“无病先防，有病早治”。笔者调查发现，在现实生产中的疾病预防工作往往被养殖者忽视或简化，预防工作做得很不够，究其原因，主要有以下几个方面：
1、预防意识薄弱。从调查情况看，几乎所有的养殖户也都这么认为：鱼没有患病就是健康的。这只能说明很多养殖户对疾病预防的意识薄弱，这是在养殖生产中疾病预防被忽视或简化最根本的原因。
2、轻预防，重治疗。大多数渔民在养殖生产中平时不注意或根本就没有进行预防，只是在鱼类患病后才开始用药进行防治。此时，不但鱼类因患病食欲减退生长缓慢，甚至直接死亡，而且在治疗时用药量加大，用药成本增加，药物对鱼类的副作用也大，对养殖的负面影响很大。
3、追求经济效益最大化。常规鱼类养殖（全国约占70～80％以上）相对而言经济效益不高，为了追求养殖经济效益最大化，大多数渔民都抱有侥幸心理，期望通过省钱来提高效益，平时不愿增加预防开支来进行预防，这也是预防意识薄弱的表现。
4、生产过程中预防措施不力或简化。突出表现在以下几个方面：
（1）不彻底清塘消毒。主要表现在：①清塘药物剂量不够。例如有些渔民用漂白粉清塘的用量为5～10kg/亩，甚至更少，明显没有达到最少 15kg/亩（20ppm）的要求；②清塘药物不对，无法达到彻底清塘的目的；③根本就没有清塘，特别是养殖面积大、清塘成本高和没有暂养池等条件受限制的养殖户。
（2）“四消”工作不到位。①鱼种放养前不消毒。②平时很少或根本不进行食场消毒。③疾病流行季节时很少或根本不对养殖水体进行常规的定期杀虫消毒。④养殖工具不消毒在实际中更是非常普遍。
（3）饲养管理不当。最突出的表现在为了让鱼类快速生长而过量投喂和过量施肥。还有少数养殖户为节约养殖成本，就近取材，乱投乱喂。例如施放未经发酵的粪肥、投喂未经发酵的酒糟、投喂舍不得丢弃的霉变粮食或饼粕等。
（4）放养不当。最为突出的是为追求高产量和经济效益而放养密度过大和放养比列不恰当。
（5）日常管理不善。最主要的是平时粗心大意而引起水质变化甚至泛池问题。
5、养殖环境人为恶化。一是很多养殖用的引排水沟渠水质发黑发臭；二是病后死亡鱼类没有及时掩埋而随处乱丢，引起疾病传染和沟渠内养殖用水水质败坏。
