近岸土壤沙化盐碱化。海口、琼海等市、县局部地区因海水养殖出现海岸带土地盐碱化的现象。
近岸海水水环境恶化。随着养殖规模扩大，海湾近岸水质不断下降，近年来鱼虾产量减少，养殖虾苗病害逐渐加剧，部分养殖户不得不采用轮养和混养以防止病害。
侵占生物栖息地，破坏近岸生态资源。受取水条件限制，海水养殖必须选址在近海岸区域，而近岸海域带是生物多样性极高的地带，大面积高密度存在的养殖场不仅极大地侵占了近岸生物的栖息地，也对防护林、红树林等近岸重要生态资源带来较大破坏，容易引起水土流失及生态失衡。
对近岸景观资源造成破坏。修建养殖池会对海岸带地形地貌形成无可挽回的改变，取水排水管道及排水冲出的沙坑和水道对海岸景观影响巨大。
残饵引发近海水质污染和水体富营养化。研究表明，养殖过程中的饵料只有10％的氮和7％的磷被利用，其他都以各种形式进入环境。当废水总量超出这一区域环境容量时，将出现区域水质污染和水体富营养化，甚至引发赤潮。
滥用药物影响生态系统。长期以来，养殖生产普遍存在滥用药物现象。大量富含消毒剂和抗菌素的水排放入海，不但对近岸水域微生物产生直接影响，而且可能会通过生物累积效应对水体生态系统和人体健康造成危害。
污染物沉积改变近岸底泥特性。随着各类有机质在底泥中不断积累，细菌和浮游细菌生物量增加明显。而富集在底泥里的这些污染物，又会进一步污染水体和造成局部环境缺氧。
海水养殖环境综合治理对策
加强海水养殖规划，推广先进养殖方式；严格海水养殖环境准入，强化项目环境管理；纳入污染减排范畴，推进污水集中治理；研究激励政策，促进海水养殖可持续发展。
海洋生态环境资源是海南发展的生命线。加强海水养殖业环境综合整治，对于推进海水养殖业的健康发展和保护海南生态环境来说十分必要和紧迫。具体建议如下:
加强海水养殖规划，推广先进养殖方式。海南沿海各市县应从实际出发，编制本市县水产养殖业的发展规划，并与土地利用规划、生态功能区划、海洋功能规划、近岸海域环境功能区划、海防林规划、旅游发展规划、城乡建设规划等专项规划相衔接。同时，尽快制定高位池养殖技术规范，实施生态化养殖示范工程，推广优质鱼或鱼虾贝轮养、混养或藻类混合养殖等先进方式，在养殖密集而环境容量较小的区域实行定期休养制度。
严格海水养殖环境准入，强化项目环境管理。制订实施沿岸水产养殖高位池和低位池环境准入标准和管理规范，会同有关部门切实解决目前海南省规模化海水养殖较少、环境影响评价制度难以执行到位的问题。大力开展海岸带生态环境整治，对在自然保护区、保护林带和特殊生态敏感区内的高位池、低位池应限期关闭。对没有履行环评手续的，要限期补办手续，并完善环保设施。对严重污染海滩、海水、地下水和农田的，要停产治理，治理效果达不到要求的，必须减少养殖规模或者复填。进一步加强海洋环境监测能力，尽快制定实施海水养殖行业排放标准。
纳入污染减排范畴，推进污水集中治理。针对海南省海水养殖密度高、频率高、排污量大、对局部海岸环境影响突出的情况，建议将海水养殖废水处理纳入总量减排核算范围，按照集中式污水处理设施扣减削减量。鼓励海南省将海水养殖作为“十二五”水污染总量减排的一个重要领域，推动有条件的地区实行统一管网规划、统一进出水系统、统一建设污水处理设施，保障养殖废水达标排放。
研究激励政策，促进海水养殖可持续发展。目前海水养殖废水处理难以推广的主因是处理成本高，缺乏相应的政策引导。建议建立养殖废水循环处理绿色补贴制度，并重点推广。此外，需加大海岸带资源保护宣传力度，建立公众参与机制，鼓励广大群众检举揭发环境违法行为，创造良好的生态保护氛围。
