我国大宗淡水鱼类养殖品种为草、青、鲢、鳙、鲤、鲫、鲂。2010年，我国大宗淡水鱼类产量约为1820万吨，占淡水养殖总产量的69%。大宗淡水鱼养殖业在满足城乡居民消费需求、提供丰富食物蛋白的同时，又在改善水域生态环境方面发挥了不可替代的作用。
大宗淡水鱼类养殖在中国水产养殖中占有重要地位，但长期以来缺乏科研经费投入，科技对产业发展的支撑作用没有得到有效地体现，良种的覆盖率低，病害多发导致损失严重，养殖模式落后，效益提升乏力，产业发展与资源、环境的矛盾加剧，水产品质量安全和水域生态安全问题突出。大宗淡水鱼究竟应该怎么养？
北京北欧玛生物科技有限公司董事长郑维中表示：“养殖模式需要创新，节水型模式是发展之路。”湖北省鄂州市水产局总工程师徐兴川建议：“在小型水体中，实行环境友好型养殖模式，即减少药物使用，降低对水体的氮、磷排放，通过水处理实现养殖水体的重复使用。在湖泊水库，实行洁水型开发模式，即选择鲢鳙鱼等滤食性鱼类进行人工放养，消耗水体中的富营养化物质，从而达到以鱼洁水、以鱼养水的目的。”
据国家大宗淡水鱼类产业技术体系首席科学家戈贤平介绍，全国大宗淡水鱼类产业技术体系于2009-2010年在华东、华中和华南地区开展了水资源节约型、环境友好型的循环水生态健康养殖模式。其特点是水体和养殖废水经过逐级净化达到甚至高于渔业水质标准，从而满足水产养殖的要求，是新型的大宗淡水鱼类精养池塘污染减排养殖模式。2011年，农业部将通过实施养殖生态环境修复示范项目，推动全国55个农业部水产健康养殖示范场强化养殖生产设施条件改造和生态环境修复，提高标准化健康养殖场水平。
为保证终端水产品质量安全、除去淡水鱼的泥腥味和多余脂肪，近年来珠三角地区兴起了一种为鱼“瘦身”的养殖模式。以瘦身草鱼为例，一些上规模的养殖企业把养殖户养到3~5斤的草鱼收上来，再经过1~2个月的“瘦身”，严格控制水质，基本不用药物，适当投喂青草。珠江水产研究所谢骏研究员指出，瘦身鱼的前期养殖涉及千家万户，质量安全难以保证。
“谁拥有了良种，谁对生产就有了主动权。”长江水产研究所所长邹桂伟在报告开头中提到，“在良种、养殖环境、饲料营养等因素中，良种对养殖效益的贡献率大于50%。”据了解，目前我国人工培育的水产良种少。在人工培育的新品种中，鲤鱼和鲫鱼共占50%以上，罗非鱼占11%。全国养殖的鲤鱼和鲫鱼大多是经人工改良品种，已经基本实现了良种化。
徐兴川介绍，大宗淡水鱼类的良种选育和推广存在几个问题：一是种质混杂现象严重，苗种场亲本来源不清，近亲繁殖严重，导致生产的苗种质量差。二是良种少，四大家鱼占淡水养殖产量的46%，除鲢鱼外，青鱼、草鱼和鳙鱼还没有良种，大部分为野生种的直接利用，所谓“家鱼不家”。三是选育周期长、难度大，由于四大家鱼的性成熟时间长（一般需要3~4年），而按常规选择育种，需要经过5~6代的选育，所以培育一个新品种约需20年以上，同时由于这些种类的个体大，易死亡，保种难度极大。
“种质退化成为大宗淡水鱼发展的主要瓶颈，推进种质保护与亲本更新势在必行。”徐兴川说，种质退化主要表现为生长速度减慢，商品鱼个体小型化，性早熟，疾病种类有所增加，体型发生变化。为保证水产苗种质量、促进水产养殖业的健康发展，农业部从2009年开始对大宗淡水鱼类实施水产亲本更新项目，使水产原良种体系建设不断完善，苗种数量和质量不断提高。
水生生物研究所研究员王桂堂指出，养殖水体中的鱼类比在自然水体中更容易发生疾病，因为病原传播迅速，常引起鱼类的大量死亡，从一定程度上说，鱼病是养出来的。他分析，引起病害的主要原因是高密度养殖导致鱼类出现环境胁迫，大量投入饲料和药物使水质恶化。养殖业使用抗生素已成为公开的秘密。因病害多发，但可用的有效药越来越少，所以加大剂量成为了一种手段。
