目前降低亚硝酸盐含量的方法主要有：
(1)理化方法 清除池底淤泥，减少池中的有机物，同时定期换水，这是预防亚硝酸盐浓度过高的根本途径，但受实际条件所限，一般较少采用；另外，研究发现，高浓度的氯离子可降低亚硝酸盐对罗非鱼幼鱼的毒性，但要控制氯离子和亚硝酸盐的比率在6：1以上较好，过多的添加容易造成水质盐化；在循环养殖系统中，较好的办法是在过滤系统接种活性污泥；有的还原剂能将亚硝态氮还原为易挥发气体，但维持时间短，只适于亚硝酸盐中毒急救。
(2)施用微生态制剂调节 当前使用的微生物制剂有光合细菌、芽孢杆菌、乳酸菌、放线菌等败类，其作用机理是修复水体微生态环境，间接增加水体溶解氧，并使底质疏松透气，有利于有机质的完全分解，间接的促进硝化作用。但受生长繁殖速度，菌类保存技术、投放后到水体成活率、水体环境等各方面影响，降解亚硝盐的效果并不理想，放线菌的过多使用还会引起鱼体异味。
(3)植物净化 凤眼莲对养鱼污水中的亚硝态氮除去率达88.1%，但凤眼莲为生态入侵种，繁殖能力太强，不利于生态平衡。
在亚硝酸盐过高的危急情况下，大量使用过硼酸钠、过氧化钙等化学增氧剂，往往会因为其剧烈的化学放氧作用而加剧鱼虾的应激作用；芽胞杆菌只是降解水中的有机质，减少亚硝酸盐生成量，微生态制剂由于竞争会进一步抑制硝化细菌的生长繁殖；活性炭等吸附剂只是将水体中的亚硝酸盐浓缩聚集于吸附剂内并沉降于池底，上述措施随时都可能产生更为严重的危害。
