浮游藻类在水体中是鱼类和其他经济动物的直接或间接的饵料基础，在决定水域生产性能上具有重要意义，与渔业生产有十分密切的关系。但在海水中由于某种或多种浮游生物（浮游植物）在一定环境条件下爆发性繁殖或高密度聚集，而引起的赤潮却对渔业有害。随着沿海工业生产的发展，海水的富营养化和水污染日趋严重，赤潮频频发生，而且规模大、时间长，频次越来越多。赤潮发生后，使海洋生态系统中的物质循环和能量流动受到干扰，直接威胁海洋生物的生存，给渔业生产造成巨大损失，海洋生态平衡也遭受到破坏。
藻类的大量繁殖，特别是有害藻类的异常发生给渔业带来很大危害，甚至影响到人们的身体健康。有害甲藻产生贝毒危害人类身体健康.微囊藻水华几乎到处可见，海参养殖池塘中亦大量可见，其死后分解产生的氨和硫化氢可对海参造成危害。海洋中甲藻、蓝藻等异常发生，形成赤潮，使水质恶化，破坏生态平衡。一些丝状藻类，如水网藻、刚毛藻等在养殖池塘中大量繁殖，与其他藻类争夺营养，使海参网缠致死和败坏水质。
蓝藻和具原核的细菌等一起，单立为原核生物界。所有的蓝藻都含有一种特殊的蓝色色素，蓝藻就是因此得名。但是蓝藻也不全是蓝色的，有的含叶绿素，有的含有蓝藻叶黄素，有的含有胡萝卜素，有的含有蓝藻藻蓝素，也有的含有蓝藻藻红素。红海就是由于水中含有大量藻红素的蓝藻，使海水呈现出红色。蓝藻分布很广，淡水、海水、内陆盐水等水域都有分布，蓝藻一般喜好高温好强光，喜高PH和静水，喜低氮高磷。蓝藻大量繁盛容易形成“水华”（在一些营养丰富的水体中，有些蓝藻常于夏季大量繁殖，并在水面形成一层蓝绿色而有腥臭味的浮沫），其中微囊藻水华极为常见，它是水体富营养化的标志，水华发生时散发腥臭味，夜间大量消耗水中的溶解氧，死后产生硫化氢，对水生动物有毒，破坏生态平衡。蓝藻浓度过大并且出现死亡时，水面呈现浮游污状物，此种水质浓、浊、死、水黏滑，水色呈暗绿色，增氧机打起的水花为浅绿色或浅蓝色，易有泡沫而且泡沫拖尾长很难消失。
甲藻的分布同蓝藻一样，淡水、半咸水、海水中都有，为主要的浮游藻类之一，海生种类很多，尤以热带海洋最多，在寒带海洋中种类较少而数量较多。许多甲藻趋光性强，只生于一定光度的水层中，有些甲藻喜生于河口或沿岸海区，少数可生于浅海沙滩上，是海洋浮游生物的一个重要类群，甲藻通过光合作用合成大量有机物，其产量可作为海洋生产力的标志，甲藻同硅藻一样，也是海洋中小型浮游动物的重要饵料之一。但是，某些甲藻是形成赤潮的主要生物，对渔业有不小的危害，由于引起赤潮的生物种类不同，气危害程度和方式也不同，夜光藻类等赤潮种类可使海水缺氧，堵塞动物的呼吸器官，而导致生物窒息，而有些甲藻可分泌毒素，毒害其他水生生物，如短裸甲藻分泌毒素直接释放到水中使海参、鱼、虾、蟹、贝等大量死亡。在高温季节水中最易出现大量的甲藻，会对有益藻硅藻的繁殖有所抑制，死亡的藻类散发出臭味，池水有黏性感，水体严重缺氧，严重时对养殖生产危害不小。
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