省畜牧兽医部门开展技术攻关，推行了净污分道、雨污分流、固液分离、干湿分开等清洁生产工艺，因地制宜推广综合利用、达标排放、畜地平衡、发酵床等养殖模式。赣州市重点推广发酵床养猪，实现了粪污减量化、无害化和资源化。新余市把城区和仙女湖、孔目江流域一公里范围内划为禁养区，在经济开发区规划建设35平方公里绿色无公害生态养殖示范区，将禁养区内的养殖场搬迁至示范区内。
各地整合畜禽标准化规模养殖场建设、畜禽养殖场大中型沼气工程、畜禽标准化示范创建、畜牧小区以奖代补、生猪调出大县奖励资金，以及亚洲银行贷款等，通过以项目带动，加大了畜禽清洁生产推进力度。畜禽养殖场沼气工程项目充分考虑前端粪污的减量化和沼液的综合利用。同时，加大对畜禽清洁生产的支持力度，将沼液运输车、固液分离机、搅拌机等纳入农机购置补贴目录，全省购买固液分离机260多台，享受补贴220多万元。
