法规的主要内容1、港口检查措施。进入欧盟成员国港口进行装卸货物、转运和港口服务的非欧盟国家渔船（第三国渔船）应在指定的港口接受检查，并申报所装载的水产品数量、品种、捕捞日期和捕捞地点及捕捞工具。
2、进口水产品溯源认证措施。对出口到欧盟地区的水产品的合法性进行检查（淡水鱼、观赏鱼和部分养殖品种除外），除检查附具健康证书外，进口水产品还必须附具《捕捞证书》、《加工厂申明》等捕捞合法性文件，否则将被拒绝入境。
3、建立不合作国家名单。如果第三国从事非法捕捞或购买非法捕捞产品，或者没有依照欧盟该法规处理非法捕捞事件，欧盟则会将其列入“不合作国家名单”，该国的渔船将被禁止在欧盟港口停靠，该国的水产品也将被禁止在欧盟市场销售。
新规效应波及非欧盟市场欧盟IUU法规主要针对的是出口欧盟的水产品，但是对于出口非欧盟市场的企业也间接地起到了限制作用。例如鄞州虬龙水产公司生产的大部分冻鱼产品只是出口到东南亚，部分泰国客户近日却要求虬龙公司对泰出口的冻青占鱼出具《合法捕捞证明》，否则就取消订单，这一点让公司始料未及。原本以为该法规对出口非欧盟国家的水产企业影响不大，现在看来并非如此。由于泰国方面进口冻鱼产品一部分是作为原料鱼用来制作鱼罐头等深加工产品再出口到欧盟国家，而根据IUU法规对进出口水产品溯源认证的要求，出口到欧盟的加工水产品，出口方应提交原料鱼供应者出具的、经原料鱼供应国认可的合法性证明文件。作为原料鱼供应者的虬龙公司，自然必须为客户出具合法捕捞证明以免产品遭拒。
欧盟注册企业尚未平稳过渡而本身就是欧盟注册水产企业的鄞州南联公司，情况则有所不同。由于产品主打市场就是欧盟国家，因此在新规实施前后，南联公司就在检验检疫部门帮助下积极准备，做好应对措施，包括卫生证书换版、原料库存清理核销、捕捞渔船备案等。然而，企业反映现在客户对于证书的诸多细节关注度都比之前要高不少，足见新规实施后带来的深刻影响。尽管法规实施后，鄞州检验检疫局为南联公司的出口水产品出具的卫生（健康）证书，目前尚无未能通关的情况出现，但是值得关注的是，到目前为止由于出口的还只是去年的库存原料，欧盟当局已有反映，对我国出口企业部分产品至今还以2010年以前原料为名出口表示怀疑，下一步可能采取措施进行规范或核查。
应积极采取相关应对措施鉴于法规的诸多细节，包括强化口岸检查制度、产品溯源认证、建立不合作国家名单等，均显示该法规将对水产品出口欧洲的各个环节产生重大而深远的影响，检验检疫部门建议积极采取以下应对措施：
一是要熟悉了解欧盟渔业新法规的变化情况和最新发展动态。相关出口企业可以提前按新法规要求进行自查和整改，并制定有针对性的应对措施，做到有的放矢，及早应对，主动规避和防范风险。
二是要进一步提高质量安全意识，建立和完善出口水产品追溯体系。出口水产企业要进一步完善自检自控体系，对水产品质量安全进行严格的要求和控制，保证输欧水产品卫生质量管理体系和HACCP管理体系持续有效运行。
三是推进备案渔船卫生设施改造。相关部门要尽快出台相关政策按欧盟捕捞渔船要求推进备案渔船卫生设施改造，为企业尽快申请合法捕捞证明文件做好基础工作。
四是要深入实施多元化战略，走市场多元化道路。改变出口依赖欧盟市场的格局，积极开拓非洲、中东、中亚、东欧、俄罗斯等新兴出口市场，尽可能减少和分散贸易风险。
