云南鱼类种数占全国淡水鱼总种数的近50%，本地特有土著鱼类种数居全国之首。近年来，在渔业水域环境变化和人类活动影响下，全省80%的湖泊鱼种类和60%左右的江河鱼种类处于濒危状态，63种土著鱼被《中国物种红色名录》列为濒危物种。
为科学合理地保护和利用土著鱼类资源，我省严格禁止围湖造田，所有湖泊禁止机动船捕鱼，主要湖泊实行全湖常年封湖，湖泊禁止网箱养鱼和围栏养鱼，有效保护了土著鱼类资源。相关科技工作者在小坝塘及稻田中进行鱼类增养殖试验示范，并成功将滇池优良鲫鱼种群——滇池高背鲫移殖到星云湖、异龙湖、程海等湖泊，使之很快增殖为各湖泊的主要经济鱼之一。近年来，省渔业科学研究院、中科院昆明动物研究所等相关科研院所积极探索珍稀濒危土著鱼类的人工驯养繁殖。省渔科院等单位人工繁育成功洱海弓鱼之一的云南裂腹鱼、被认定为野外绝灭种的珍稀鱼类小裂腹鱼、产自金沙江的优质鱼类短须裂腹鱼以及产自西双版纳的大刺鳅4种野生土著鱼；中科院昆明动物所等单位人工繁育成功滇池金线鲃和抚仙湖抗浪鱼；中科院水生生物研究所人工繁育成功产自元谋金沙江的长薄鳅。此外，全省各地还先后人工驯养繁育出星云湖大头鲤，洱海春鲤，杞麓鲤，石屏乌鳢、胡子鲇，陆良鲇鱼，元阳月鳢，华坪岩原鲤。这15种特有土著鱼人工驯养繁殖成功，既为这些土著鱼类种群恢复及保护利用提供了科学保障，又为开发利用云南其他优质土著鱼类资源提供了宝贵经验。
目前，云南省渔业科技工作者正致力于驯化繁育云南土著观赏鱼。
