草鱼每年四五月份和九十月份病害暴发比较厉害，主要通过鱼塘消毒、水质调控和打疫苗加以预防。目前在珠三角地区，草鱼出血病疫苗的效果不稳定，主要原因是少有正规生产厂家生产疫苗，多采用土法疫苗，来源于非典型出血病病鱼的内脏，制作和保存方法也不标准。
目前在台山、番禺等部分地区草鱼与南美白对虾的鱼虾混养模式养殖效果较好。该模式以养虾为主，每亩放养虾苗（标粗苗）3-4万尾，同时搭配300克左右大规格草鱼种上百尾。通过混养草鱼，水体生态系统处于平衡状态，虾塘水质得到有效改善，且由于草鱼吃病虾死虾，因此对虾养殖过程中病害较少，养殖效益比较稳定，一亩纯利润在5000-7000元之间。
近年来，亲鱼遗传背景不清、近亲繁殖导致草鱼出现种质退化的现象，环境污染也使得草鱼天然种群数量明显下降。针对此问题，有行业人士表明，可采用定期更换亲鱼的方式提高草鱼种质。业内部分苗种场如广州海大种苗基地引进长江水系的野生亲鱼，据介绍其后代鱼苗生长至4斤左右仍能保持较快的生长速度；湖北石首老河长江“四大家鱼”原种场其亲鱼来自于长江水系的原种，据称生长速度、抗病力都不错。
2009年上半年珠三角2千克规格的草鱼行情最高可达4.7元/斤,下半年价格有所下降，最低达3.7元/斤。目前，草鱼一斤养殖成本在4块钱左右，养殖效益0.5-1元/斤。由于塘租上涨、饲料原料价格上涨，养殖户普遍感到今年养殖有压力。但草鱼消费量大，而且目前草鱼加工业有所发展，因此，部分行业人士还是比较看好草鱼的养殖前景。
