欧盟食品安全局科学专家委员会推荐三步分析方法：首先是初步评估，考虑是否确实需要进行风险-得益评估，或者是否健康风险明显大于健康得益（反之亦然）；其次是精确评估，在相应暴露水平上定量评估风险和得益；最后是全面比较风险和效益组合，建立纯健康效应值。
科学专家委员会指出：风险-得益评估应该基于预先由分析人员和决策者商议好的明确的目标。由于在整个过程中分析人员要向决策者汇报每一步骤，让后者决定所得到的信息是否充分到能够制定决策的地步，从而不必完成所有的分析步骤，所以制定的方法应该有助于节省时间和资源。
这份指南文件强调了风险-得益评估是一个复杂的过程，面临许多的挑战，诸如得益评估的数据量不够等。它主要关注人体健康方面的风险-得益评估，而不涉及其他的方面，如社会、经济、环境或者民族等。
所有利益相关者或者有关的团体组织都可以在2010年4月15日之前提供相关的意见。本着开放和透明的政策方针，欧盟食品安全局将会在网站上公布一份关于收到意见的总结报告，同时在完善最终的指南文件时也会考虑这些意见。
