水库养鱼，包括水库网箱养鱼、散养、放养等，在我省普及甚广。细细数来，这种养殖方式优点甚多，租金便宜，产量高，养殖病害少，产出的鱼类肉质好，卖价贵，这些优点，均来源于水库和普通土塘的最大不同：水域体积大、水质好。
在效益的吸引下，水库养鱼大范围普及开，加入的人越来越多，已威胁到水库的生态安全。近年来，水库污染事件频频发生，来自学术界的质疑声日益突出，有关部门也采取了谨慎态度。水库养鱼，一时成为养殖和环保之间的焦点之一。
水库养鱼一度兴旺
进入21世纪后，水库养鱼曾经很兴旺。 一位在水利部门工作了十多年的人士告诉记者，当年，围绕着水库周围，山上种树，水里养鱼，岸边养鸭，这曾经是所谓 综合利用，充分开发水库价值 的模式，在全省范围内，到处可见。由于水库水质良好， 水库鱼 成为优质的代名词。
从养殖效益看，水库养鱼是一个比较好的模式。 多位承包水库养鱼的养殖户对记者说，其中最重要的一点，就是水体够大，水质好。据了解，广东省的湖泊数量较少，为了满足饮用、防洪、灌溉、发电等用途，兴建了众多水库。目前共有各型水库6700多座，水库数量位居全国第四；总库容超过400亿立方米，位居全国第二；水库流域面积超过全省国土面积的53%，是名符其实的水库大省，这就给水产养殖提供了便利条件，于是水库养鱼迅速普及，尤其是网箱养殖和投放饲料的散养。
记者通过查阅统计数据，发现目前我省水库养鱼甚为广泛，除了重点管制的保护区外，大多数水库都在养鱼，其中还包括很大一部分饮用水源地。
媒体曾经披露过湛江鹤地水库疯狂围库造塘的情况。鹤地水库为湛江市区、廉江、雷州等城镇的工业和居民生活提供了优质的水源。然而，自从1958年水库建成后，一场保护与 蚕食 鹤地水库的 斗争 就在持续进行中。仅1989年至1991年这3年时间，鹤地水库就被围库造塘、造地面积超过万亩。到目前止，在水库库区42米高程以下围库造塘(造地)总面积已达12343亩，围库造塘(地)面积约占水库面积的十分之一，相应减少库容近1亿立方米。
过度养殖造成严重污染
在2009年10月，在长沙召开的全国水库养鱼技术问题与发展交流研讨会上，中科院水生生物研究所曹文宣提出：使用饲料养鱼的危害比较大，滥投饲料、肥料的现象很普遍，严重破坏水质；同时，过度养殖还造成生物品种单一化、鱼类种群结构失衡。
由于残留饲料和排泄粪便，高密度的商业养殖会带来大量的外源性营养元素(氮、磷等)，这极易造成水库的富营养化。
富营养化是一种等植物营养物质含量过多所引起的水质污染现象。过多营养物质输入，导致藻类爆发性增殖，这些藻类有恶臭、有毒，爆发增殖后遮蔽阳光，导致水中生物死去，生物尸体腐败后放出氮、磷等植物营养物质，再供藻类利用。这样恶性循环，造成水质整体败坏。
在这种藻类爆发性增殖的现象称之为 水华 ，简单理解，即发生在淡水环境中的赤潮，肇事的藻类以蓝藻为主。水库具有流动性差的特点，一旦发生水华，治理难度很大。
在2009年12月，在广东茂名召开的全省水库水资源保护工作会议上，暨南大学水生生物研究所所长韩博平教授提出，我省水库水质形势很不乐观，特别是发生在重要饮用水源地的多次水华事件，如汤溪水库、南水水库、高州水库等。经过调查，库区大量养殖是引发水华的重要因素。
据了解，1996年以来广东省有20多座水库出现不同程度的蓝藻水华，其中2000年以来就有18座水库发生蓝藻水华。广东水库发生蓝藻水华的几率、规模以及影响范围均呈加大趋势。江门、惠州、潮州、茂名等地的个别水库先后发生了全库规模的蓝藻水华，严重影响城镇居民饮水安全。
水库规范养殖较难实行
水利部门介绍，按照一级水功能区划，水库一级功能分为保护区、保留区、开发利用区和缓冲区，其中属于开发利用区范围的水库，按照当地的资源、地理条件，根据社会需求来确定水库的二级功能，如灌溉、防洪、饮水、农用等等。
近年来，对水库养鱼的整治行动从未间断。2009年初，乳源作出决定，从当年2月起至2011年1月，用两年时间，全面取消南水水库库区网箱养鱼；2009年9月，陆丰对水库养鸭养鱼造成污染水质进行清理整顿；而在此前一个月，湛江制定《鹤地水库养鱼管理暂行规定》，对水库养鱼进行规范，杜绝盲目疯狂开发行为。
污染如此严重，水库应该杜绝养鱼？也有人提出反对意见。有业内人士表示，目前我国耕地紧缺，工业用地也在扩大，普通的土塘正日渐萎缩。况且从全国的消费市场看，水产品并未达到丰富的状态，现在渔业捕捞量已几乎消失，若全部水库都严禁养鱼，消费和供给上的缺口从哪里补？
上海海洋大学水产与生命学院的刘其根教授也提出：西方国家为了保护生态，不发展水库养殖；但我国人均资源占有量非常少，而且国民经济水平较低，不能照搬西方国家的做法，从目前情况看，水库不发展水产养殖不现实。
一方面是来自环保的呼声，一方面是短期内难以改变的现实，水库养鱼就这样生存于两者的博弈之间。
有水利部门的人士说，都知道水库养鱼会带来污染，但就象沿海高密度网箱养殖、高污染对虾养殖一样，涉及到很多复杂问题，短期内难以改变；污染日益严重，各级水利部门也对这方面加以重视，但涉及到养殖数量、面积，目前还没有具体的细则。而且农田水利管理体制尚未理顺，农田水利管理使用的公益性和营利性界定不清。财政对小型水库维护投入不足，水库管理人员待遇低下，基本是 以电养水 、 租金养水 的局面。把水库承包出去带来的租金，是很多水库管理人员工资的主要部分， 水利部门也有自己的难处 。
事实上，对水库的污染不只是养殖行为，包括水库周边生产、生活废水对水质的污染更为严重。此前有媒体报道，东莞主要水库水质九成 不及格 ，污染源多为工业和生活污染。
然而，由于水库水质不断恶化，这必然引起政府和民众对水库环境保护的重视。在舆论反映强烈的地方，或水库水质恶化程度严重的地区，为改善饮用水源地水质，地方政府势必收紧水库养鱼的政策，或制定更严苛的规定与标准。南水水库就是因为发现蓝藻水华，有可能威胁到乳源县居民的饮水安全，当地政府做出了清拆全部网箱的决定。
生物操控发展前景多大？
水库的富营养化怎样解决？养鱼和保持水质能不能兼顾？近年来，有不少科技文献记载了生物操控和生态养殖实验。
生物操控是通过食物链的原理，通过不同营养级生物相互作用，来达到降低浮游植物数量、防止水华出现的目的，分为经典与非经典两种方式。前者是指通过放养凶猛性鱼类或捕杀的方式，来控制摄食浮游动物的鱼类(如鲢、鳙)，以壮大浮游动物种群来遏制藻类繁殖。而非经典生物操控则指控制凶猛鱼类，及放养滤食性鱼类，直接摄食藻类，抑制藻类数量，以防
止出现水华。
但有学者提出，此法适用于面积较小的水库，能减低富营养化程度，把藻类的密度控制在发生水华的临界点以下；但是对于已经发生水华，或者水域面积较大的水库，难有效果。
水库养鱼，残留饲料是主要污染源之一。据了解，在我省一些禁止养殖的水库，曾经进行过鱼类放养的尝试，选择适合的种类，大量放入鱼苗，任其自然生长，然后定期捕捞。这样的方式对生态环境比较安全，但是收效甚微。而且，对于很多商业承包者来说，经营的目的就是尽量获得高额利润，这种放任自流、天生天养的模式，是不可能接受的。
水库养鱼，还将在争议与讨论中存在相当一段时间。
