在淤泥较多的池塘中,有机质的氧化分解会消耗掉底层本来并不多的溶氧,造成底部处于缺氧状态,形成所谓的“氧债”。在缺氧条件下,厌氧性细菌大量繁殖,分解池塘底部的有机物质而产生大量有毒的中间产物,如NH3、NO2-、H2S、CH4、有机酸、低级胺类、硫醇等。这些物质大都对养殖鱼类有着很大的毒害作用,并且会在水中不断积累,轻则会影响鱼类的生长,饵料系数增大,养殖成本升高。其中NH3、NO2-、H2S都能引起鱼类的暗浮,NH3含量高时,还会导致各种鱼类的拟出血病；NO2-易诱发草鱼出血病,也会提高鱼类对细菌性疾病的易感性,重则引起中毒死亡或无机酸,使底质酸化,pH值明显下降。当pH值超过适宜限度时,将影响鱼体呼吸,造成新陈代谢下降,生长发育停滞等一系列异常变化。过酸的水还能刺激鱼类的鳃和皮肤的感觉神经末梢,反射性地影响呼吸运动,使养殖鱼类从水中摄氧能力减弱,从而导致各种疾病。另一方面,当底质恶化,有害菌会大量繁殖,水中有害菌的数量达到一定密度时,养殖动物可能发病。如:由嗜水气单胞菌引起的溃烂病、荧光假单胞菌引起的赤皮病、点状气单胞菌引起的肠炎病和打印病等。
随着水产养殖密度的不断增大,以消耗大量高蛋白饲料及污染池塘自身和周边环境为代价来维持生产的养殖模式,破坏了池塘原有的生态平衡；加上养殖户为了防治鱼病,大量使用杀虫剂、消毒剂、抗生素等药物,并且用药剂量越来越高。这样,污泥中含有丰富的有机物,厌氧微生物占主导地位,严重破坏了底质的微生态环境,导致各种有毒有害物质恶化底质。
