微生物制剂又称益生菌，是在微生物理论指导下，对已知的有益微生物通过分离、复壮、浓缩等特殊工艺加工而成。
我国微生物制剂于上世纪80年代开始应用于水产养殖，经过20多年的发展，目前已颇具规模。目前水产养殖用的微生物制剂有两大类：一类是体内微生物改良剂，将其添加到饲料中用以改良养殖对象体内微生物群落的组成，应用较多的有乳酸菌、芽孢杆菌、酵母菌及多种微生物组成的复合菌；另一类是水质微生物改良剂，将其投放到养殖水环境中以改良底质或水质，主要有光合细菌、芽孢杆菌、硝化细菌、反硝化细菌、EM菌等。目前湛江市的微生物制剂企业已达到一百多家，是全国最大的微生物制剂生产基地之一。
微生物制剂应用于水产养殖业，无残留、无耐药性、无污染，并可通过调节水产动物和养殖水体内的微生态平衡，达到提高养殖品种健康水平及改良养殖环境的目的，在水产养殖中有着广泛的应用前景。
但由于管理体制造成监管真空；微生物制剂除光合细菌外，其它菌类还没有一个相对统一的行业标准来规范微生物制剂产品质量；行业的门槛较低，有些不具备生产技术条件的企业也在从事此类产品的生产，质量不可控制性很大等，乱象已甚，行业该如何面对，出路在哪里？下面，就目前水产微生物制剂行业存在的问题及出路进行深入探讨。
发展尚处初期
我国目前水产微生物制剂还处于一个发展初期，概括起来存在以下问题：
1、管理体制水产微生物制剂属于非药品，没有明确管理部门、管理权限和管理条例。由于管理真空，监督困难，影响了产品质量和使用的可靠性。
2、没有标准和规范除光合细菌外，其它微生物制剂尚无国家的产品标准，水产微生物制剂生产迄今为止无明确的技术规范，生产实践中无法达到规范生产。
3、厂家多，但规模小，生产工艺落后 有的甚至是作坊式生产方式，科技含量低，缺少龙头企业和领军队伍。
4、由于产品厂家技术水平的不一致，导致生产出来的产品质量良莠不齐，应用效果差异性比较大具体表现在：一是菌种退化，由于长期使用同一菌种，菌种会产生退化现象，形成质量问题，要适时提纯复壮；二是发酵、培养问题，由于某些原因，使细菌在发酵或培养过程中未能达到要求，造成数量不足或活力不强，有些细菌已出现杂化或受到污染，特别是作坊式的生产单位根本达不到技术要求；三是细菌固化、加工及复配问题，由于技术、设备、加工工艺及操作等因素造成细菌数量不足，活力不强，不能形成优势菌群，难以起到应有作用；四是检测手段不够完善，产品的标准和检测方法混乱。
5、片面宣传作用和效果出于多种原因，微生物制剂的宣传经常出现片面性，甚至产品宣传与产品实际情况相去甚远。尽管微生物制剂具有许多优势和特点。但它不是包治百病，有百利无一害的万能神药，它也具有局限性和限制性。
6、市场混乱、难辨好坏、盲目使用面对琳琅满目的产品，四处纷飞的产品宣传广告以及产品推销人员的积极推荐，养殖户不知道使用什么样的产品才有效，常常出现每种都买一点，一种不行换另一种的情况，导致最后分不清是哪一种产品在起作用，甚至出现赊销的买，不赊销的不买，喊高价打折扣多的产品多买等现象。
7、应用技术不够成熟由于政府政策、市场经济、商品监管、科技局限性等多种因素的影响，产品和应用技术的研究尚未成熟，影响了产业的发展。
发展趋势及对策
立足水产，延伸大农业
目前，微生物制剂主要应用于水产养殖中的水质改良。一方面通过形成优势种群，与有害微生物或藻类竞争营养成分，抑制有害微生物或有害藻类的生长和繁殖；另一方面通过降解作用分解水体中有机污染物或通过吸收作用吸收水体中的氨氮、亚硝酸氮等有害物质改善水产养殖环境，多年来已得到广大养殖户的认可和广泛应用。
但这样的用途太局限，应该将其扩展到更大的应用范围：一是生产生物饲料添加剂及生物饲料。在传统饲料技术的基础上，把植物蛋白原料经微生物发酵生产成生物饲料及饲料添加剂，能促进水产动物消化的吸收提高生产速度，减少用药，保护水质、适合绿色饲料发展的需要，市场潜力非常大。去年，湛江市已有六家微生物制剂企业向国家农业部申报生产饲料添加剂项目；
二是应用于生物肥料。用畜禽粪便和其它有机物为主要原料经接种微生物复合菌剂，利用生化工艺和微生物技术制成的具有优良物理性状、碳氮比适中、肥效优质的微生物肥料在水产养殖中广泛应用肥水，创造了良好的养殖生态环境。湛江是个农业大市，在农作物的种植、水果等还有很大的市场没有利用。所以，微生物制剂的发展应该立足水产，并逐渐向大农业延伸，在国内打造“湛江生物肥料”品牌。
向高效、专一方向发展
为克服目前水产微生物制剂产品种类多，但菌种相似、性能差别不大，缺少特色的现状，今后在水产微生物制剂方面有向高效性、专一性方向发展的趋势。只有向高效、专一的水产微生物制剂发展，研发有针对某种水生动物、某个生长阶段、某些疾病的特定对象的专用制剂，使其作用更专一，效果更显著，才能收到更好的效果。
制定标准、规范生产
目前，除光合细菌外，其它微生物制剂在国内还没有一个相对完善的标准来规范微生物制剂产品的质量，一般执行的标准是企业自行修订的经当地质量技术监督部门备案的企业质量标准，致使不同企业生产的同一类产品质量差异很大，许多产品的安全性和有效性达不到技术要求，质量不可控性很大。
针对微生物制剂企业的现状及存在问题，2008年8月，湛江市水生生物保健品行业协会召开全体会员会议，成立“联盟标准”技术委员会，充分发挥协会作用，在湛江市质量技术监督局的指导下，根据标准修订的依据、原则和基本要求广泛征求意见和充分讨论，率先在全国第一个统一制定了微生物制剂质量标准和质量检测技术规范，修订标准于2009年1月开始实施。
制定制度，做好检测
有关部门及微生物制剂企业应针对水产微生物制剂监测、检测等方面的问题，尽快制定相应制度，强化微生物制剂的检测管理。在检测中除常规检测外，还要注意菌株的特异性，防止一些源于环保的微生物制剂用于水产养殖中产生不良影响。对于新品种或首次使用的菌种，一定要进行系统的安全性实验，确保无毒副作用后方可使用，以确保水生动物和消费者的安全。
整合资源，加强合作
我国水产养殖用的微生物制剂企业普遍规模小，技术力量薄弱，经济实力不强，有的没有单独承担新产品研发的实力。
因此，要加强生产企业之间及企业与科研单位之间的协作，充分发挥企业联合资金优势和科研单位的技术优势，积极开展基础理论和应用技术及相关标准制定工作，促进生产企业调整产品结构，提高产品档次，推动产业升级。
积极扶持，培植龙头企业
政府应选择较好的微生物制剂生产企业予以扶持，在政策和资金方面予以倾斜，培植这些企业成为龙头企业。与此同时，企业也应拿出相应的资金，联合科研院所开展产品研发，形成产学研一条龙，更好地发挥作用。
