受全球金融危机影响，我国对外贸易遭遇前所未有的困难（全年对外贸易出口额同比下降16%），水产品出口也不例外，2009年前两个月水产品出口额同比下降11.9%，降幅之大为历史罕见。面对这种情况，农业部高度重视，和地方主管部门、有关行业协会、出口企业一起认真研究，共同应对。一是通过调研和座谈广泛了解企业诉求，配合有关部门协调解决提高水产品出口退税率及欧洲鳗税费减免等问题，为产业发展提供有利条件；二是以主要贸易国来华检查为契机，进一步强化质量安全监管，提高出口产品竞争力；三是创新工作思路和方法，科学评估市场需求，加强信息服务，通过办展、参展以及各种宣传活动，促进国际、国内两个市场的开发；四是指导企业搜集贸易国的政策变化，主动应对，适时出击，努力化解危机。通过多方努力，年初以来水产品出口大幅下降的势头得到有效控制，水产品出口在波动中出现积极变化，3月份开始企稳反弹，降幅有所收窄，9月份、11月份和12月份水产品单月出口额分别达到10.45亿美元、10.5亿美元和12.4亿美元，连续三次刷新月度出口额新高。在前11个月水产品累计出口额负增长的情况下，最终实现全年水产品出口额正增长。
日美欧韩仍是我国水产品主要出口市场，但出口额之和占我水产品出口总额的比例进一步下降，对东盟和台湾地区出口增长强劲，对香港地区出口也继续保持增长，出口市场多元化步伐加快。山东、广东、辽宁、福建、浙江、海南等沿海省份仍是我水产品出口主要地区，出口额之和占我水产品出口总额的91.9%。其中福建凭借对台贸易的快速增长，出口额同比增长31.3%，超过浙江成为第四大出口省份。江西和湖北作为最重要的内陆出口省份，出口额同比分别增长43.7%和32.2%。
