然而与该「愿景」相差甚远，令人遗憾的现实是：过度捕捞、船队渔捞能力过剩、高额补贴、经济反弹力道低、欧洲渔获减少，显示目前的共同渔业政策（Common Fisheries Policy；CFP）并未能有效防止这些问题。
2009年绿皮书承诺要真正从根本问题下手，其一便是单一鱼种配额制度。许多科学家和渔民皆质疑对个别鱼种设立总可捕量的效用。2001年绿皮书曾建议建立多鱼种管理制度，并针对个别情况采取措施，然而却没有提到，多鱼种管理需要自1950年代所建立以单一鱼种模型体制作资源评估，有革命性的改变才能做到。
2009年绿皮书提到在混合渔业里施行单一鱼种配额，将导致非目标鱼种被混获，并迫使渔民丢弃这些不允许卸售的混获量，也就是说，有大量可在市场销售，但已死亡的鱼被丢弃海中，因为其为不应捕的鱼种（无配额）、超捕（配额不足）、或是渔获中含较小的鱼，必须把空间留给较有价值或较大的鱼，以使总渔获量维持在配额范围内。未报告的丢弃使渔获数据失真，进而影响到资源评估。
绿皮书大胆表示未来的共同渔业政策将确保渔获丢弃行为不再发生，甚至建议考虑管理渔获努力量，像是限制在海上天数等。重新检视欧盟渔业现行的配额系统确有必要，或至少必须像挪威一样强制规定渔民必须卸下所有渔获。
然而对于另一个主要问题─选择性渔捞（selective fishing），绿皮书却只字未提。多年来在商业鱼类族群中捕捞较大、成长快速者，而留下较小、成长较慢者的作法，尽管已有研究质疑，但官方却仍视为规臬奉行不渝。以较大与成熟鱼为渔捞目标毫无疑问会减少其数量，导致鱼群组成体型变小（此类影响甚至可能扩及基因层面）。不幸的是绿皮书无视相关批评与研究，只说新的共同渔业政策会「在经济上与技术上提供最佳解决方案」。然而选择性渔捞问题需要的是在科学上全面重新评估，无关乎像是改良渔具等「技术」问题。
绿皮书作者写到，共同渔业政策规范过细，使得施行上极度缺乏弹性，也因此遭到相关人士的批评。像是冰岛渔民就认为，欧盟的渔业管理政策很糟糕，冰岛外交部长亦曾说冰岛不会服从欧盟的渔业管理政策。绿皮书建议可尽量信赖会员国所实施的管理方案，共有渔业资源与生态系统可由相关国家共同管理。
绿皮书也提到可将大规模船队与沿近海小区的小型渔业（SSF）的管理体制分开，将大规模船队归于「以市场为基础的分配机制」（个别可转让配额的另一种说法）范畴；沿近海小型渔业则透过配额或努力量的直接分配，或是透过共同计划加以管理，小型船队的相关决议必须尽可能由沿近海小区实行。
小型渔业早就应该分开管理。以英国希士丁（Hastings）地区为例，小于10公尺的小型渔船占总船数的93％，而且雇用了83％的渔民，却只分配到该地区约30％的鳕鱼配额。因此当地渔民抱怨欧盟所设立的配额系统不公平，迫使小型渔船歇业，扼杀其生计。
再说到个别可转让配额（ITQ），一份最近的加拿大研究发现，加拿大卑诗省的配额制度变相鼓励闲置渔民与投资客投机性地购买与租赁配额，使得作业渔民变成佃农，必须付给地主或「海主」过高的租金。渔业配额与执照价值18亿美金，是卑诗省商业渔业所有船只与设备总价值的五倍之多。尽管个别可转让配额被大力推广，但卑诗省的经验显示其所产生的问题跟所解决的一样多。共同渔业政策的制订者必须慎重考虑此议题。
绿皮书提到可将配额分配给小型渔业，然而此种作法无异于在木头房子放火！可交易配额制度无可避免会使小型个人或家族公司渐渐遭到淘汰，并使渔业权集中在少数较大经营者和雇用代理人来操作小型渔业的公司的手里。经验显示，限制配额取得的最大值几乎没有效用。大型船队与小型渔业作业水域重迭或利用相同渔业资源时，小型渔业就应该受到保护，例如限制大型船队不得在沿近海水域作业。
根据2009绿皮书，过度捕捞同时是长期渔捞能力过剩的因与果，而渔船数量平均每年减少2％的效应也被渔获效能每年提升2-3％的效应所抵销。简而言之，就是「太多船追捕太少鱼」的老调重弹。倘若欧盟国家有太多大型船队，就应该停止对这些船队的补助，以减少过剩的渔捞能力；既然大型船只闲置需要花费很多成本，那么减少他们的渔捞能力以减少渔获努力量是合理的方法。不过小型渔业并不需要这样处理，小型渔业的努力量可以藉由整个周末不出海捕鱼就减少30％，不但容易执行，且相对花费较少；在此同时，渔民仍然可以兼顾生计并保有渔船。
大规模行政官僚制度总倾向拥有「共同」政策以及统一、广泛的规定，此种倾向现在看来是有问题的，至少对受到共同渔业政策规范的小型渔业而言。除了气候、地理、生态等条件不同，渔业也会因船只、渔具、渔法、渔获组成、价值与体型、营销系统、社经特色、文化、社会与政治组织等因素的不同而有所差异，所以渔业管理机制必须要针对每个个别渔业量身定做，但这对欧盟渔业体制显然是种苛求。
