机械捞藻法 在大规模除藻行动的开始阶段或除藻前的准备阶段，适当捞藻清理水面是必要的。也可用滤网除藻，但长时间使用滤网过滤，滤网需经常拆洗。
曝气法 在水深>5米的水库，可以装置曝气筒（或扬水筒）对控制藻类繁殖有良好的效果，投资成本低，但只对小水体比较有效。
超声波灭藻 超声波灭藻具有操作方便、高效、无污染或减少污染的特点。长期使用超声波可抑制藻类生长。
化学法 在藻类繁殖季节，投加一些化学药剂可以抑制藻类繁殖。目前市场上流行的化学方法主要以次氯酸钠、硫酸铜等方法为主。
生物法 饲养一定的鱼类和水草或者应用其它生物也可以控制藻类。生物法具有综合效益，但高效、广谱的生物技术仍有待于开发，如果投放的菌种稍有不当，就会引起其它生态污染。
