二是落实相关规划、计划，强化畜禽养殖污染防治。重庆市将畜禽养殖污染防治工作纳入了环境保护“四大行动”中的“碧水行动”、“绿地行动”。按照其目标要求，到2010年，重庆市将新建30万口农村户用沼气池、规模化畜禽养殖场污染综合整理率由2007年的不足20％达到60％以上。
三是积极组织实施畜禽养殖污染综合治理示范项目。2005年以来，重庆市农业、环保、移民部门累计落实中央和市级财政专项资金21292万元，先后组织实施了江北区的金宏、渝北区的汇仁公司奶牛养殖场、万州区索特双龙、荣昌县明辉有机肥生产等368个畜禽养殖污染综合整治示范项目。
四是组织开展畜禽养殖区域划分工作，加强畜禽养殖场养殖小区备案管理。2007年，市政府出台了《关于印发重庆市畜禽养殖区域划分管理规定和重庆市畜禽养殖区域划分及养殖污染控制实施方案的通知》，划定了禁养区、限养区和适养区，并分年度对禁养区畜禽养殖场取缔、关闭、搬迁和限养区、适养区畜禽养殖场污染综合整治提出了目标任务。2009年8月，市政府办公厅印发了《重庆市畜禽养殖场养殖小区备案程序管理办法》，明确了畜禽养殖场养殖小区备案规模、标准和编码规范，要求市和区县（自治县）畜牧兽医行政主管部门负责本行政区域内养殖场、养殖小区备案的监督管理工作。
五是强化目标任务考核。近年来，重庆市逐步将畜禽养殖污染防治等农村环境保护工作纳入区县党政“一把手”、市级部门环保实绩考核范畴，促进了各级领导更加重视畜禽养殖和生猪屠宰行业环境监管工作。
