渔药的应用保证了渔业的增产、增效，但是，同时也带来了一些渔药残留的问题。总体来看，造成渔药残留主要有以下几个原因：
一是投入品的质量管理问题。这是渔药残留产生的主要原因，因此，加强我国水产养殖投入品的管理，不断从源头上控制和提高养殖水产品的质量安全水平，提高我国养殖水产品的国际竞争力，已成为当前各地各级渔业行政主管部门重点关注的大问题。
二是渔民规范用药、安全用药的意识差。主要表现在：1.不遵守休药期的有关规定或者缺乏休药意识；2.不正确使用渔药，在用药剂量、给药途径、用药部位和用药动物的种类等方面不符合用药规定；3.按错误的用药方法用药；4.不做用药记录；5.水产品临上市使用渔药；6.由于对水产动物疾病及其防治缺乏认识，疾病发生后乱用药、乱投药。渔药的滥用，会导致病原体耐药性的增加，对生态环境产生较大的毒副作用。
三是渔药市场无序竞争较为严重。目前，我国渔药市场还有一些混乱，产品良莠不齐、以次充好的现象屡见不鲜，合格率得不到保证。
水产品药物残留问题已经引起了社会的普遍关注，要控制水产品的药物残留，保证水产品的安全，就必须重视渔药的安全使用与科学管理。
一是健全和完善水产品食用安全保障体系。渔药残留的监控是一项长期而艰巨的任务，我国与发达国家相比有较大的距离，应不断完善水产品食用安全保障体系，并在此基础上对水产养殖业进行科学、公正的药物使用和残留的监督管理。
二是加强水产养殖用药基础研究。积极开发和推广高效、优质、对环境无污染、对鱼体无残毒的药物，让养殖者有新的替代产品可以选择，以满足无公害水产品的养殖需求。
三是对外协调、严格管理。各级渔业行政执法部门要按照兽药管理和水生动物防疫检疫有关条例的规定，切实履行对水产养殖用药的监督、检查和处罚职责；各地渔业主管部门要会同兽医、工商等相关部门建立有效的协调机制，分工负责、相互配合、及时沟通，对违禁药品生产和流通环节进行经常性的检查，从源头上遏制水产养殖违禁药品的流通。
四是加强宣传教育和培训工作。加强水产用药的技术指导，大力推广健康养殖新模式；加强各种专业合作经济组织的行业自律。
五是加强管理，逐步健全可追溯制度。实施水产养殖用药科学管理的最终目的是提高水产品质量和竞争力，增加渔业生产效益，让渔民得到更多的实惠。而做好水产养殖用药记录，建立可追溯制度是提高水产品质量的必要监控措施，也是国际水产品贸易发展的需要。通过用药记录等生产记录，确保严格按照无公害水产品生产技术规范的要求从事生产，保证产品质量，并使水产品像其他商品一样具有标识、标签、生产日期、用药记录等可追溯资料，提高我国水产品的竞争力。
