全球有限的鱼粉与鱼油供应量是造成这些预期发展的重要原因。而目前这个问题也变得愈来愈关键。全球鱼粉产量在鱼饲料中的用量从1990年之前的低于10%增加到2002年的40%以上。至于鱼油的情况则更为关键，1990年之前，全世界生产的鱼油被用来作为水产饲料的不到10%，但在2002年，全球鱼油产量被使用在水产饲料中超过75%，主要是将原来用来制造人造油脂的鱼油移做饲料原料。按照目前水产饲料的增产速率，几年之内鱼油供应将无法满足水产饲料工业之需求。以鲑鳟饲料对鱼油的高需求状况来看，水产饲料中鲑鳟饲料的鱼油部分将面临立即的短缺。
针对鱼粉在各类水产饲料的使用状况估计使水产业界开始要求降低鱼粉在饲料中的用量。2010年鲑、鳟鱼饲料中鱼粉的预估用量分别降低10%与5%，这将分别降低77000吨鲑鱼与29000吨鳟鱼饲料中的鱼粉。这种改变必须提高其它蛋白来源的用量以取代原来饲料中被移除的鱼粉蛋白质。鱼油的减用量甚至可能比鱼粉更多，或许应降至目前用量的50%，并需要用植物油来取代鱼油。
鲑鳟养殖应注意的环保问题鲑鳟养殖并不会消耗用水，却会造成水质营养化。养殖场排放水中所含的养分会增加藻类与水生植物的生长，从而降低湖泊与河流的水质。为控制这个问题，欧洲与美国均对养殖场排放水中的固体物与营养盐含量加以限制。
磷是排放水中最受关注的营养盐，营养盐主要来自未摄食饵料、粪便与代谢废物（尿与鳃分泌代谢物）。很多养殖场都会采取特有处理方式降低排放水中的固体与磷。排放水中的磷以两种型态存在：一为固态磷（如骨骼与其它不可溶解的物质），另一为由鱼尿中所排出的可溶解磷。虽然固态磷可被收集移除，但移除可溶解磷不具经济效益，因为磷以较低浓度存在于大量水体中，所以在饲料中，限制可消化磷的含量与鱼类需求相近，是制造低污染饲料的方法。以这种方式处理，使鱼类排出的可溶性磷量可降至极低水准。降低鲑鳟饲料中非可溶磷含量的处理方式有2种，分别是使用低磷的原料和增加饲料中磷的利用率，例如添加植酸酶。高灰分饲料原料，如鱼粉、肉骨粉以及家禽副产品，在骨骼中含相当高量的磷。植物蛋白质原料，如大豆粕属于低磷原料，以大豆粕取代鱼粉可降低饲料中的总磷量，不过大豆粕中的磷约有75%是结合在植酸中。这一类的磷称为植酸磷，是无法被包括鱼类在内的单胃动物所消化。如前所述，植酸中的磷可被一般植物种子中所含有的植酸酶所分解释出。植酸酶可当作饲料添加剂来使用，然而其酵素活性在饲料打粒过程中会受高热破坏。所以，目前植酸酶的补充是采用喷涂于已完成的粒状饲料上。
