智利业界在80年代引入非本地鲑鱼种后蓬勃发展，自90年代初开始养殖外来种的大西洋鲑鱼。近几年生产每年超过100,000公吨，2003年至2006年的年出口收入平均增长22%，同时直接或间接创造约55,000个就业机会。2006年智利成为世界第二大（仅次于挪威）的鲑鱼和鳟鱼养殖生产国，水产品输出超过22亿美元。
智利鲑鱼扩大养殖是外包趋势和渔业全球化下的另一产物，其具备所有方便投资取得资本的必要特性：廉价劳力、保护水域的空间取得、宽松的管理和执行及成长中的市场。比起欧美，智利鲑鱼养殖业的投资环境遇到的阻力较少。
但在2007年，传染性鲑鱼贫血症（ISA）散布在智利水域，ISA已经对北大西洋地区挪威和苏格兰的鲑鱼箱网养殖产量造成损害。幸运的是ISA病毒不会感染人类，但它的迅速蔓延造成严重经济损失和减损鲑鱼生产，迫使业界关闭大量加工厂并扑杀受感染的鱼。ISA使鲑鱼养殖陷入严重财务危机，专家预期生产会大幅减少，业界的反应则是裁减估计多达6,000名鲑鱼养殖场的员工。 ISA传染病继续蔓延，推究原因是智利养殖场过于拥挤的环境和其它卫生问题，成为各种寄生虫、真菌和细菌鱼类疾病的天堂。寄生虫是困扰高度密集箱网的严重问题。海水鱼虱如Lepeophtheirus salmonis和Caligus spp等属寄生桡足类，常见于挪威、苏格兰和北美的大西洋鲑鱼箱网养殖，寄生鱼体变成丑陋而减少市场价值、阻碍生长和削弱抵抗力。
鲑鱼养殖场设置于野生鲑鱼迁徙路线，增加来自箱网海虱感染的危险，已形成严重关切。但智利情况不同，因为本来就没有天然野生鲑鱼种群，所有养殖鲑鱼都来自进口。
到目前为止，尚无任何有关在智利溪流放养野生大西洋鲑鱼建立鱼群的决定性报告。除养殖外，智利引进某些鲑鱼物种以建立海洋牧场计划、商业和休闲渔业，然而只有少数建立起小型和得以自我维持的鱼群，智利企图建立新渔业并未成功。同时，25年前引入南极克尔格伦岛的苏格兰种野生大西洋鲑鱼却状况良好。
全球金融风暴也冲击渔业，财务相关问题包括过度扩张和指望无止境地信贷供应。智利政府最近宣布鲑鱼养殖业拯救方案，以国家的担保提供鲑鱼养殖业4.5亿美元纾困贷款，帮助解决资金问题及ISA传染病。
拯救方案刚宣布不久，非政府环保组织成员、工会和劳工领袖的批评声浪即起。前者呼吁停止扩大鲑鱼养殖，抱怨鲑鱼养殖业卫生、环保和劳动问题，以及不分青红皂白地密集使用抗生素。尽管其经济部长已声明援助目的是要让工人和小区得以存活，企业主仍须自己出资继续经营。来自劳工界的批评仍最大，并伴随大规模示威和抗议。
政府承诺将拨出400万美元以提供技能培训和创造多达3,300人的就业机会，失业劳工在4个月培训期内有失业给付，此外政府亦释出900个公共工程工作，但仍远低于多达7000名失业劳工要求的直接补贴和提供就业。主要批评在于大多数政府援助将落进企业口袋，这些企业多年来赚取巨大利润，却未曾好好管理养殖场，现在理应负起照顾自己的责任，而这些钱应专门用来照顾失业劳工。
无论政府援助争议之结果如何，期待智利海水养殖业终能克服眼前困难。一个小小的鱼类病毒有可能瘫痪整个工业和影响成千上万人民的生活。
