种质安全问题：良种、饲料、渔药等投入物的市场监管和淡水水产品的市场营销质量监督还有待进一步加强，原良种场的体系建设缓慢，名优特珍的引种高潮在增加养殖品种的同时，也造成了不同程度的种质安全问题。
技术推广体系问题：山东省水产科技整体实力在全国名列前茅，但这种优势没有得到充分利用，个别地区技术推广体系薄弱，出现了科技攻关与发展渔业、科技成果与转化运用、技术推广工作与渔民渴求生产技术脱节。
精深加工问题：近几年，山东省水产品加工虽有突破性发展，但加工龙头企业数量少、规模小的问题十分突出，特别是精深加工和培育名牌亟须破题。
突破发展瓶颈，取得山东淡水渔业的新发展，必须在以下几个方面下功夫：
加快推进政府职能转变。各级渔业行政执法部门应按照由管理型向服务型转变的要求，在切实抓好水产养殖许可、淡水鱼类良种生产许可、淡水水产品市场准入与产品溯源制度实施，履行好管理职能的同时，进一步增强服务意识，提高服务能力。
进一步提高淡水渔业的科技化水平。继续加大科技投入，实施重大科技专项，集中优秀科研单位和科技人才进行技术攻关，切实解决好制约山东省淡水渔业发展的关键技术。加强对新型淡水渔业农户的技术培训，增强一线生产者的技能素质和质量意识。
加快推进淡水渔业产业化。完善渔业经营体制，在资金、政策、技术、服务上培植扶持大龙头企业，引导企业创立品牌，推行公司+基地+农户(渔户)产业化运作模式，拉长产业链、增加附加值。进一步加大淡水渔业生产合作组织培育力度，引导渔民与企业通过合同、订单等形式结成利益共同体，提高渔业生产组织化程度。
切实搞好无公害化渔业省建设。规划实施好新一轮科技兴渔战略。严格推行渔药生产许可制度，强化市场流通环节监管，大力推广使用中草药防治鱼类病害的绿色药物举措，尽快改善内陆水域的环境现状，夯实全省渔业经济持续稳定健康发展的基础。
