该中心是以2007年日本农林水产省制订之「农林水产省地球暖化对策综合策略」及「地球暖化对策研究推进委员会」于2008年7月所提出之「地球暖化对策研究策略」为基础，拟订出其自身之研究策略。
凭借着丰富的监控资料，水产综合研究中心在地球暖化相关研究方面，已累积了一定的成果。今后的研究将以(1)防止地球暖化技术；(2)适应地球暖化技术；及(3)国际共同研究为三大主轴，同时顾及海洋与陆地间的联系，并考虑水产品从生产到送抵消费者的整个流程，推动有助水产品之稳定供应与水产业经营发展之研究开发。
在(1)防止地球暖化技术方面，包括开发炭循环模式（考虑到海洋会吸收二氧化碳等因素）、计算出水产业整体之温室效应气体排放量（除渔船外，水产加工业、养殖业及物流业亦会排放温室效应气体）、研发节能技术或设备（如LED集鱼灯）以减少温室效应气体排放等。
在(2)适应地球暖化技术方面，将建构生态系变化调查体制，并统一搜集、管理相关信息。同时评估地球暖化对主要水产资源、浮游生物等之影响，以掌握其生存临界点（如可生存水温）。另外，也将预测地球暖化对主要水产资源之产量与质量之影响。至于因地球暖化而变得可被利用的水产资源，则针对其增养殖方法、加工技术等进行研发，并思考如何加以推广贩卖。
至于在(3)国际共同研究方面，除了和PICES（北太平洋海洋科学组织）、SCOR（国际海洋研究委员会）、FAO（联合国粮农组织）等国际组织所实施之地球暖化相关计划互相配合外，也将推动东亚各国间，甚至是全球性的共同研究。
相关研究成果除会立即向国内外发布外，也将带到水产业的第一线进行验证，并设法加以推广普及。
