湖北省农业厅副厅长余胜伟介绍，10月28日事发后，湖北省组成专门工作组对鹏昌公司和双港公司进行调查溯源。据调查，三聚氰胺超标很有可能来自饲料。调查组对可能涉及的养鸡户的蛋和饲料进行了现场抽检，全部合格。
湖北省农业厅还对全省万只以上蛋鸡养殖企业（场、小区）和重点饲料企业进行拉网式检测排查。截至11月5日，已检测京山、荆州等地鸡蛋和饲料样品127批次，其中京山鸡蛋样品33批次、饲料42批次，荆州鸡蛋样品5批次、饲料5批次，检测结果均合格。
湖北省农业厅表示，已责令鹏昌公司和双港公司停止出口、销售鸡蛋，并对所有问题鸡蛋召回、销毁，双港公司“全省农业产业化企业”称号被取消。农业部门已与公安部门组成联合调查组，力争尽快查清输港问题蛋源头。
湖北省畜牧局副局长陈红颂指出，湖北方面目前尚未收到香港方面的正式质检报告，从程序上讲还可复检确认。即便按媒体曝出的供港问题鸡蛋超标量来算，一个婴儿一天要吃一公斤那样的问题蛋才会影响健康，因此湖北鸡蛋是安全的，消费者无需恐慌。
