清塘的药物，最好用生石灰，使用方法和数量与苗种池的相同。用茶籽饼与生石灰混合使用，效果更好，水深1米，每1/15公顷用茶籽饼30千克，生石灰75～90千克。清塘时，先将茶籽饼捣碎，用水泡烂（若急于放苗种，可用温水浸泡24小时），然后与生石灰混合泼洒。还可用含二氯或三氯的异氰尿酸钠一类消毒剂清塘，但清塘消毒后肥效不如生石灰清塘好。
成鱼池在放养前进行清塘，目的是为了清除野杂鱼类，为饲养成鱼创造良好的生活环境。特别是旧的成鱼池，其底部残饲和鱼的粪便等腐殖质积累多，分解时会消耗水中大量的氧气，且淤泥呈酸性，不得鱼类的生长。因此，每年冬季对旧的成鱼池要结合积肥，清除过多的淤泥。
