随着保存时间的增加，渔用饲料中的单糖、二糖逐渐被消耗。蛋白质总量变化不大，但游离氨基酸量增加，酸价提高。大麦、燕麦、玉米、大米、小麦等的蛋白质都能被酶水解。因此，保存时间过长，就可能降低蛋白质对胃蛋白酶、胰蛋白酶的敏感性，降低蛋白质的生物学价值。
渔用饲料的保存，其含水量不能超过13%，以10%以下为好。保存渔用饲料的仓库、场地宜干燥，避光。有条件的地方，渔用饲料最好用塑料袋密封保存。避免鼠类、昆虫等有害动物消耗和损坏饲料。
维生素在保存期的损失与水分含量有密切的关系。小麦含水量在17%时，五个月内维生素B损失30%；而含水量在12%时，同期内仅损失12%。同时，温度的影响比水分还要大，保存温度为7℃时，胡萝卜素损失一半，25℃时损失3/4；长期保存，加之温度高，水分含量多，胡萝卜素将被完全损失。有许多维生素，在保存时极易损失，损失最大的是维生素A，其次是维生素C，维生素B最为稳定。
渔用饲料的保存方法有缺氧保存、干燥保存、通风保存、低温保存和化学保存。
在高温条件下，加上渔用饲料含水量偏高，就极易发生霉变，产生对水生动物有毒的物质（霉菌毒素或黄曲霉毒素），故发霉的渔用饲料不得利用。为了防止渔用饲料发霉，可向渔用饲料中添加化学制剂。其主要化学制剂有下列几种：
1、防霉剂
在渔用饲料中加入化学药品抑制和杀死微生物来达到安全保存的目的，其常用的品种有：丙酸钠，每吨渔用饲料添加1千克；丙酸钙，每吨渔用饲料添加2千克；脱氢醋酸钠，每吨渔用饲料添加200-500克。
此外，在生产中常常改变渔用饲料的酸碱度，使微生物处于劣境，达到抑制和杀菌的目的。如在处理秸秆渔用饲料时加入一定量的生石灰，使其处于碱性环境，可以抑制和杀死部分微生物。又如在新鲜的陆生植物保存中，利用乳酸菌产生乳酸，使其pH降到3.8-4.2，抑制腐败菌的生长，达到保存的目的。当然，还可以加入一些其他防腐剂，如甲醛、亚硫酸、有机酸（甲酸等）、硫酸、盐酸等。在每吨新鲜的陆生植物中加入2.3千克甲酸，使pH下降到4.2-4.6，有利于保存。
2、抗氧化剂
在渔用饲料中含有较多脂肪。脂肪容易自动氧化分解，一方面产生异味变质，另一方面破坏了溶解于脂肪中脂溶性维生素A、D、E、K等，从而降低渔用饲料的营养价值。为了防止氧化，常添加一些抗氧化剂。合成抗氧剂有：乙氧基喹啉、丁基化羟基甲苯、丁基化羟基甲氧基苯、五倍子酸脂、抗坏血酸等。添加量在一般渔用饲料中为0.01%-0.05%，一般可防止脂肪及脂溶性养分的氧化变质。
如果条件可能的话，对于渔用饲料的使用，最好是当时加工当时用，这样，有利于饲料新鲜，营养不致于失散（损失），对发挥渔用饲料的效率有一定的作用。虽然可采用防霉剂、抗氧化剂等化学药品来防止渔用饲料的霉变，但这并非上上之策，有时加入上述这些化学药品，有可能会产生一些副作用。
